source: trunk/NTREE/NT_validNameParser.cxx

Last change on this file was 16766, checked in by westram, 8 years ago
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 11.9 KB
Line 
1/*
2 * Definition of all objects belonging to this version of
3 * the valid names text file
4 *
5 * 29. November 2002
6 *
7 * coded by Lothar Richter
8 *
9 * Copyright (C) 2002 Department of Microbiology (Technical University Munich)
10 */
11
12#if defined(DEVEL_LOTHAR)
13#define DUMP
14#endif // DEVEL_LOTHAR
15
16#include "NT_validNameParser.h"
17#include "NT_local.h"
18
19#include <cstdlib>
20#include <cstdlib>
21#include <iostream>
22#include <fstream>
23
24using namespace std;
25
26namespace validNames {
27
28
29    TokLPtr tokenize(const std::string& description, TokLPtr tokenLP) {
30        size_t tokenEnd = 0;
31        size_t tokenBegin = 0;
32
33        while (tokenEnd != description.size()) { // CC : warning: comparison between signed and unsigned (tokenEnd sollte nicht 'int' sondern 'unsigned' sein)
34            tokenEnd = description.find_first_of(' ', tokenBegin);
35            if (tokenEnd == string::npos) tokenEnd = description.size();
36            int tokLength = tokenEnd - tokenBegin;
37            if (tokLength != 0) {
38                tokenLP->push_back(description.substr(tokenBegin, tokenEnd - tokenBegin));
39            }
40            tokenBegin = tokenEnd + 1;
41
42        }
43        return tokenLP;
44    }
45
46
47
48
49
50    Desco determineType(const string& descriptionString)
51    { // begin determineType
52
53        DESCT actType = NOTYPE;
54        TokLPtr tokenLP =  new TokL;
55        tokenLP = tokenize(descriptionString, tokenLP);
56        // remove all tokens in parentheses
57        {
58            TokL::iterator it = tokenLP->begin();
59            while (it != tokenLP->end()) {
60                if (((*it).at(0) == '(') && *it != string("(corrig.)")) it = tokenLP->erase(it);
61                else ++it;
62            }
63        }
64
65        // check first word for upper case letters
66        string descNames[6]; // first the valid genus, species, subsp. then the other names
67        // stores occurrence of subsp. which is needed to retrieve the right tokens later on and status flags
68        int sspPos[2] = { 0, 0 }; // token subsp. occurs maximum twice
69        int ssp = 0;
70        bool isValid = true;
71        bool isRenamed = false;
72        bool isHetero = false;
73        bool isHomo = false;
74        bool isGenus = false;
75        // bool isSee = false;
76        bool isCorr = false;
77
78
79
80        for (TokL::iterator it = tokenLP->begin(); it != tokenLP->end(); ++it, ++ssp) {
81            if (isUpperCase(*it)) {
82                isGenus = true;
83#if defined(DUMP)
84                std::cout << "genus detected" << std::endl;
85#endif // DUMP
86            }
87
88
89            else { // begin operators
90                if (*it == string("->")) {
91                    nt_assert(!isHetero);
92                    nt_assert(!isHomo);
93                    nt_assert(isValid); // only one operator per line allowed
94                    isRenamed = true;
95                    isValid   = false;
96#if defined(DUMP)
97                    std::cout << "renaming detected" << std::endl;
98#endif // DUMP
99                }
100                else {
101                    if (*it == string("=>")) {
102                        nt_assert(!isRenamed);
103                        nt_assert(!isHomo);
104                        nt_assert(isValid);
105                        isHetero = true;
106                        isValid = false;
107#if defined(DUMP)
108                        std::cout << "heteronym detected" << std::endl;
109#endif // DUMP
110                    }
111                    else {
112                        if (*it == string("=")) {
113                            nt_assert(!isRenamed);
114                            nt_assert(!isHetero);
115                            nt_assert(isValid);
116                            isHomo = true;
117                            isValid = false;
118#if defined(DUMP)
119                            std::cout << "homonym detected" << std::endl;
120#endif // DUMP
121                        }
122                        else {
123                            if (*it == string("(corrig.)")) {
124                                isCorr = true;
125#if defined(DUMP)
126                                std::cout << "correction" << std::endl;
127#endif // DUMP
128                            }
129                            else {
130                                if (*it == string("see:")) {
131                                    // isSee = true;
132                                    isValid = false;
133#if defined(DUMP)
134                                    std::cout << "reference" << std::endl;
135#endif // DUMP
136                                }
137                                else {
138                                    if (*it == string("subsp.")) {
139#if defined(DUMP)
140                                        std::cout << "subspecies detected at position: >>>" << ssp << "<<<" << std::endl;
141#endif // DUMP
142                                        ssp == 2 ? sspPos[0] = ssp : sspPos[1] = ssp;
143                                        // max. one subsp. on each operator side
144#if defined(DUMP)
145                                        std::cout << "position of subsp.: " << sspPos[0] << "\tand: " << sspPos[1] << std::endl;
146#endif // DUMP
147                                    }
148                                }
149                            }
150                        }
151                    }
152                }
153            }
154        }
155
156
157
158        if (isGenus) {
159#if defined(DUMP)
160            std::cout << " GENUS description found " << std::endl;
161#endif // DUMP
162            if (isValid) {
163                descNames[0] = (*tokenLP)[0];
164                actType      = VALGEN;
165#if defined(DUMP)
166                std::cout << "VALIDGEN type set to: " << actType << std::endl;
167#endif// DUMP
168            }
169            else {
170                if (isHetero) {
171                    descNames[0] = (*tokenLP)[2];
172                    descNames[3] = (*tokenLP)[0];
173                    actType = HETGEN;
174#if defined(DUMP)
175                    std::cout << "HETERONYMGEN type set to: " << actType << std::endl;
176#endif // DUMP
177                }
178                else {
179                    if (isHomo) {
180                        descNames[0] = (*tokenLP)[2];
181                        descNames[3] = (*tokenLP)[0];
182                        actType = HOMGEN;
183#if defined(DUMP)
184                        std::cout << "HOMONYMGEN type set to: " << actType << std::endl;
185#endif // DUMP
186
187                    }
188                    else {
189
190                        if (isRenamed) {
191                            descNames[0] = (*tokenLP)[2];
192                            descNames[3] = (*tokenLP)[0];
193                            actType = RENGEN;
194#if defined(DUMP)
195                            std::cout << "RENAMEDGEN type set to: " << actType << std::endl;
196#endif // DUMP
197                        }
198                        else {
199#if defined(DUMP)
200                            std::cout << "no meaningful combination of conditions reached" << std::endl
201                                      << "for line: " << descriptionString << std::endl;
202                            std::cout << "description type is set to NOTYPE: " << NOTYPE << std::endl;
203#endif // DUMP
204                            isValid = false;
205#if defined(DUMP)
206                            std::cout << "isValid set to false "  << std::endl;
207#endif // DUMP
208                            actType = NOTYPE;
209                        }
210                    }
211                }
212            }
213        }
214        else {
215
216            //       just fancy experimental , maybe not 100% correct but looks good
217            if (!(((sspPos[0] == 0) || (sspPos[0] == 2)) && (((sspPos[1] > 4)&&(sspPos[1]< 9))||(sspPos[1]==0)))) {
218#if defined(DUMP)
219                std::cout << "subsp. at strange position found in line:" << std::endl << descriptionString << endl;
220                std::cout << "description type is set to NOTYPE: " << NOTYPE << std::endl;
221#endif // DUMP
222                isValid = false;
223#if defined(DUMP)
224                std::cout << "isValid set to false "  << std::endl;
225#endif // DUMP
226                actType = NOTYPE;
227            }
228
229            if (isValid) {
230                descNames[0] = (*tokenLP)[0];
231                descNames[1] = (*tokenLP)[1];
232                if (sspPos[0] != 0) { descNames[2] = (*tokenLP)[sspPos[0]+1]; } // only if subsp. exists
233                actType = VALSPEC;
234            }
235            else { // begin else isHetero
236                if (isHetero) {
237                    descNames[0] = (*tokenLP)[3 + sspPos[0]];
238                    descNames[1] = (*tokenLP)[4 + sspPos[0]];
239                    if (sspPos[1]!=0) { descNames[2]=(*tokenLP)[6 + sspPos[0]]; } // only if subsp. exists
240
241                    descNames[3] = (*tokenLP)[0];
242                    descNames[4] = (*tokenLP)[1];
243                    if (sspPos[0]!=0) { descNames[5]=(*tokenLP)[sspPos[0]+1]; } // only if subsp. exists
244
245                    actType = HETSPEC;
246                }
247                else {
248                    if (isHomo) {
249                        descNames[0] = (*tokenLP)[3 + sspPos[0]];
250                        descNames[1] = (*tokenLP)[4 + sspPos[0]];
251                        if (sspPos[1]!=0) { descNames[2]=(*tokenLP)[6 + sspPos[0]]; } // only if subsp. exists
252
253                        descNames[3] = (*tokenLP)[0];
254                        descNames[4] = (*tokenLP)[1];
255                        if (sspPos[0]!=0) { descNames[5]=(*tokenLP)[sspPos[0]+1]; } // only if subsp. exists
256
257                        actType = HOMSPEC;
258
259                    }
260                    else { // else branch isHomo
261                        if (isRenamed) {
262                            descNames[0] = (*tokenLP)[3 + sspPos[0]];
263                            descNames[1] = (*tokenLP)[4 + sspPos[0]];
264                            if (sspPos[1]!=0) { descNames[2]=(*tokenLP)[6 + sspPos[0]]; } // only if subsp. exists
265
266                            descNames[3] = (*tokenLP)[0];
267                            descNames[4] = (*tokenLP)[1];
268                            if (sspPos[0]!=0) { descNames[5]=(*tokenLP)[sspPos[0]+1]; } // only if subsp. exists
269
270                            actType = RENSPEC;
271
272                        }
273                        else { // species remaining cases
274#if defined(DUMP)
275                            std::cout << "not a valid description line detected" << std::endl;
276                            std::cout << "isValid: " << isValid << std::endl;
277                            std::cout << "isRenamed: " << isRenamed << std::endl;
278                            std::cout << "isHetero: " << isHetero << std::endl;
279                            std::cout << "isHomo: " << isHomo << std::endl;
280                            std::cout << "isGenus: " << isGenus << std::endl;
281                            std::cout << "isSee: " << isSee << std::endl;
282                            std::cout << "isCorr: " << isCorr << std::endl;
283                            std::cout << "sspPos: " << sspPos[0] << " and " << sspPos[1] << std::endl;
284                            std::cout << descriptionString << std::endl;
285#endif // DUMP
286                            actType = NOTYPE;
287                        }
288
289                    }
290                }
291            }
292        }
293
294
295#if defined(DUMP)
296        std::cout << descriptionString << std::endl;
297        std::cout << "classified as " << actType << std::endl;
298#endif // DUMP
299
300        Desco actDesc(actType, isCorr, descNames[0], descNames[1], descNames[2], descNames[3], descNames[4], descNames[5]);
301        delete tokenLP;
302        return actDesc;
303    }
304
305
306    string Desco::getFirstName() {
307        string tmp = firstgen;
308        if (!firstspec.empty()) {
309            tmp = tmp + " " + firstspec;
310            if (!firstsub.empty()) {
311                tmp = tmp + " " + "subsp." + " " + firstsub;
312            }
313        }
314
315
316        return tmp;
317    }
318
319    string Desco::getSecondName() {
320        string tmp = secondgen;
321        if (!secondspec.empty()) {
322            tmp = tmp + " " + firstspec;
323            if (!secondsub.empty()) {
324                tmp = tmp + " " + "subsp." + " " + secondsub;
325            }
326        }
327        return tmp;
328    }
329
330
331    bool isUpperCase(const string& input) {
332        for (size_t i=0; i<input.length(); ++i) {
333            if (input[i]<'A' || input[i]>'Z') return false;
334        }
335        return true;
336    }
337}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.