source: trunk/SEQ_QUALITY/SQ_helix.h

Last change on this file was 19425, checked in by westram, 2 years ago
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 5.3 KB
Line 
1//  ==================================================================== //
2//                                                                       //
3//    File      : SQ_helix.h                                             //
4//    Purpose   : Class used for calculation of helix layout             //
5//                                                                       //
6//                                                                       //
7//  Coded by Juergen Huber in July 2003 - February 2004                  //
8//  Coded by Kai Bader (baderk@in.tum.de) in 2007 - 2008                 //
9//  Copyright Department of Microbiology (Technical University Munich)   //
10//                                                                       //
11//  Visit our web site at: http://www.arb-home.de/                       //
12//                                                                       //
13//  ==================================================================== //
14
15#ifndef _GLIBCXX_STRING
16#include <string>
17#endif
18#ifndef _GLIBCXX_MAP
19#include <map>
20#endif
21
22#ifndef BI_HELIX_HXX
23#include <BI_helix.hxx>
24#endif
25#ifndef AP_FILTER_HXX
26#include <AP_filter.hxx>
27#endif
28#ifndef ARBDB_H
29#include <arbdb.h>
30#endif
31
32
33class SQ_helix : virtual Noncopyable {
34    const char *sequence;
35    int         count_strong_helix;
36    int         count_weak_helix;
37    int         count_no_helix;
38    int         size;
39
40    static SmartPtr<BI_helix>    helix;
41    static SmartPtr<BI_pairdef>  pairdef;
42    static GBDATA               *helix_gb_main;
43    static std::string           helix_ali_name;
44
45    static void updateHelixAndPairdef(GBDATA *gb_main, const char *ali_name);
46
47public:
48    SQ_helix(int size);
49    ~SQ_helix();
50
51    void SQ_calc_helix_layout(const char *sequence, GBDATA *gb_main, char *alignment_name, GBDATA *gb_quality, AP_filter *filter);
52
53    int SQ_get_no_helix() const {
54        return count_no_helix;
55    }
56    int SQ_get_weak_helix() const {
57        return count_weak_helix;
58    }
59    int SQ_get_strong_helix() const {
60        return count_strong_helix;
61    }
62};
63
64// global data
65SmartPtr<BI_helix>    SQ_helix::helix;
66SmartPtr<BI_pairdef>  SQ_helix::pairdef;
67GBDATA               *SQ_helix::helix_gb_main = NULp;
68std::string           SQ_helix::helix_ali_name;
69
70// SQ_helix implementation
71void SQ_helix::updateHelixAndPairdef(GBDATA *gb_main, const char *ali_name) {
72    if (helix.isNull() ||
73        gb_main != helix_gb_main ||
74        strcmp(helix_ali_name.c_str(), ali_name) != 0)
75    {
76        helix = new BI_helix;
77        helix->init(gb_main, ali_name);
78
79        pairdef = new BI_pairdef;
80
81        helix_gb_main  = gb_main;
82        helix_ali_name = ali_name;
83    }
84}
85
86SQ_helix::SQ_helix(int size_) :
87    sequence(NULp),
88    count_strong_helix(0),
89    count_weak_helix(0),
90    count_no_helix(0),
91    size(size_)
92{}
93
94SQ_helix::~SQ_helix() {
95}
96
97void SQ_helix::SQ_calc_helix_layout(const char *seq, GBDATA *gb_main, char *alignment_name, GBDATA *gb_quality, AP_filter *filter) {
98    updateHelixAndPairdef(gb_main, alignment_name);
99
100    size_t        filterLen          = filter->get_filtered_length();
101    const size_t *filterpos_2_seqpos = filter->get_filterpos_2_seqpos();
102
103    std::map<int, int> filterMap;
104    for (size_t filter_pos = 0; filter_pos < filterLen; filter_pos++) {
105        filterMap[filterpos_2_seqpos[filter_pos]] = filter_pos;
106    }
107
108    if (!helix->has_entries()) {
109        count_strong_helix = 1;
110        count_weak_helix = 1;
111        count_no_helix = 1;
112    }
113    else {
114        // calculate the number of strong, weak and no helixes
115        std::map<int, int>::iterator it;
116
117        for (size_t filter_pos = 0; filter_pos < filterLen; filter_pos++) {
118            int seq_pos = filterpos_2_seqpos[filter_pos];
119
120            if (helix->is_pairpos(seq_pos)) {
121                int v_seq_pos = helix->opposite_position(seq_pos);
122
123                if (v_seq_pos > seq_pos) { // ignore right helix positions
124                    it = filterMap.find(v_seq_pos);
125
126                    if (it != filterMap.end()) {
127                        char left  = seq[filter_pos];
128                        char right = seq[it->second];
129
130                        int strength = pairdef->pair_strength(left, right);
131
132                        switch (strength) {
133                            case 3:
134                            case 2:
135                                count_strong_helix++;
136                                break;
137                            case 1:
138                                count_weak_helix++;
139                                break;
140                            case 0:
141                                if (!((left == '-') && (right == '-')))
142                                    count_no_helix++;
143                                break;
144                            default:
145                                seq_assert(0);
146                                break;
147                        }
148                    }
149                }
150            }
151        }
152    }
153
154    GBDATA *gb_result1 = GB_search(gb_quality, "number_of_no_helix", GB_INT);
155    seq_assert(gb_result1);
156    GB_write_int(gb_result1, count_no_helix);
157
158    GBDATA *gb_result2 = GB_search(gb_quality, "number_of_weak_helix", GB_INT);
159    seq_assert(gb_result2);
160    GB_write_int(gb_result2, count_weak_helix);
161
162    GBDATA *gb_result3 = GB_search(gb_quality, "number_of_strong_helix", GB_INT);
163    seq_assert(gb_result3);
164    GB_write_int(gb_result3, count_strong_helix);
165}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.