source: trunk/SL/TRANSLATE/Translate.hxx

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1// =============================================================== //
2//                                                                 //
3//   File      : Translate.hxx                                     //
4//   Purpose   : Interface for Nucleotide->AA translation          //
5//                                                                 //
6//   Coded by Ralf Westram (coder@reallysoft.de) in June 2006      //
7//   Institute of Microbiology (Technical University Munich)       //
8//   http://www.arb-home.de/                                       //
9//                                                                 //
10// =============================================================== //
11
12#ifndef TRANSLATE_HXX
13#define TRANSLATE_HXX
14
15#ifndef ARBDB_BASE_H
16#include <arbdb_base.h>
17#endif
18
19// handle translation info stored in species fields:
20GB_ERROR translate_getInfo(GBDATA *gb_species, int& arb_transl_table, int &codon_start);
21GB_ERROR translate_saveInfo(GBDATA *gb_species, int arb_transl_table, int codon_start);
22GB_ERROR translate_removeInfo(GBDATA *gb_species);
23
24// translate:
25int translate_nuc2aa(int arb_code_nr, char *data, size_t size, size_t pos, bool translate_all, bool create_start_codon, bool append_stop_codon, int *translatedSize);
26
27#else
28#error Translate.hxx included twice
29#endif // TRANSLATE_HXX
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.