| 1 | #NEXUS |
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| 2 | [! RDP - the Ribosomal Database Project, (Mon Oct 25 12:13:24 2010).] |
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| 3 | [! To get started, send HELP to rdp@info.mcs.anl.gov ] |
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| 4 | BEGIN DATA; |
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| 5 | DIMENSIONS |
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| 6 | NTAX = 3 |
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| 7 | NCHAR = 2016 |
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| 8 | ; |
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| 9 | FORMAT |
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| 10 | LABELPOS = LEFT |
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| 11 | MISSING = . |
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| 12 | EQUATE = "~=.|><" |
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| 13 | INTERLEAVE |
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| 14 | DATATYPE = RNA |
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| 15 | GAP = - |
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| 16 | ; |
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| 17 | OPTIONS |
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| 18 | GAPMODE = MISSING |
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| 19 | ; |
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| 20 | MATRIX |
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| 21 | 'AF375552; cattgtcgcg catgaactgc aactgctgag ggatcaggat aatcatccgc [1 - 50] |
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| 22 | HSFAU ttcctctttc tcgactccat cttcgcggta gctgggaccg ccgttcagtc |
|---|
| 23 | HSFAU1 ctaccatttt ccctctcgat tctatatgta cactcgggac aagttctcct |
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| 24 | |
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| 25 | 'AF375552; agataaatat aactgctaaa aataatacac aaacttacgc aatggcagcc [51 - 100] |
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| 26 | HSFAU gccaatatgc agctctttgt ccgcgcccag gagctacaca ccttcgaggt |
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| 27 | HSFAU1 gatcgaaaac ggcaaaacta aggccccaag taggaatgcc ttagttttcg |
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| 28 | |
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| 29 | 'AF375552; taaacagcac catgcgtgcc tgatttttgc tcactgatgg caatttgacg [101 - 150] |
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| 30 | HSFAU gaccggccag gaaacggtcg cccagatcaa ggctcatgta gcctcactgg |
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| 31 | HSFAU1 gggttaacaa tgattaacac tgagcctcac acccacgcga tgccctcagc |
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| 32 | |
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| 33 | 'AF375552; gcctaaactt ttagtcagat acgttgttgt ggaggcttga cgcagcaaaa [151 - 200] |
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| 34 | HSFAU agggcattgc cccggaagat caagtcgtgc tcctggcagg cgcgcccctg |
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| 35 | HSFAU1 tcctcgctca gcgctctcac caacagccgt agcccgcagc cccgctggac |
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| 36 | |
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| 37 | 'AF375552; gagatttaaa gccccgcaaa atgtcgctgt ttgagactgg ctttggcatt [201 - 250] |
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| 38 | HSFAU gaggatgagg ccactctggg ccagtgcggg gtggaggccc tgactaccct |
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| 39 | HSFAU1 accggttctc catccccgca gcgtagcccg gaacatggta gctgccatct |
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| 40 | |
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| 41 | 'AF375552; ttgttaaatt tgagaaagtc ctatggttgt agacgttgat gtagcaaggt [251 - 300] |
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| 42 | HSFAU ggaagtagca ggccgcatgc ttggaggtaa agttcatggt tccctggccc |
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| 43 | HSFAU1 ttacctgcta cgccagcctt ctgtgcgcgc aactgtctgg tcccgccccg |
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| 44 | |
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| 45 | 'AF375552; gtttggacag [301 - 310] |
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| 46 | HSFAU gtgctggaaa agtgagaggt cagactccta aggtggccaa acaggagaag |
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| 47 | HSFAU1 tcctgcgcga gctgctgccc aggcaggttc gccggtgcga gcgtaaaggg |
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| 48 | |
|---|
| 49 | 'AF375552; |
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| 50 | HSFAU aagaagaaga agacaggtcg ggctaagcgg cggatgcagt acaaccggcg [351 - 400] |
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| 51 | HSFAU1 gcggagctag gactgccttg ggcggtacaa atagcaggga accgcgcggt |
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| 52 | |
|---|
| 53 | 'AF375552; |
|---|
| 54 | HSFAU ctttgtcaac gttgtgccca cctttggcaa gaagaagggc cccaatgcca [401 - 450] |
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| 55 | HSFAU1 cgctcagcag tgacgtgaca cgcagcccac ggtctgtact gacgcgccct |
|---|
| 56 | |
|---|
| 57 | 'AF375552; |
|---|
| 58 | HSFAU actcttaagt cttttgtaat tctggctttc tctaataaaa aagccactta [451 - 500] |
|---|
| 59 | HSFAU1 cgcttcttcc tctttctcga ctccatcttc gcggtagctg ggaccgccgt |
|---|
| 60 | |
|---|
| 61 | 'AF375552; |
|---|
| 62 | HSFAU gttcagtcaa aaaaaaaa [501 - 518] |
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| 63 | HSFAU1 tcaggtaaga atggggcctt ggctggatcc gaagggcttg tagcaggttg |
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| 64 | |
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| 65 | 'AF375552; |
|---|
| 66 | HSFAU |
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| 67 | HSFAU1 gctgcggggt cagaaggcgc ggggggaacc gaagaacggg gcctgctccg [551 - 600] |
|---|
| 68 | |
|---|
| 69 | 'AF375552; |
|---|
| 70 | HSFAU |
|---|
| 71 | HSFAU1 tggccctgct ccagtcccta tccgaactcc ttgggaggca ctggccttcc [601 - 650] |
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| 72 | |
|---|
| 73 | 'AF375552; |
|---|
| 74 | HSFAU |
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| 75 | HSFAU1 gcacgtgagc cgccgcgacc accatcccgt cgcgatcgtt tctggaccgc [651 - 700] |
|---|
| 76 | |
|---|
| 77 | 'AF375552; |
|---|
| 78 | HSFAU |
|---|
| 79 | HSFAU1 tttccactcc caaatctcct ttatcccaga gcatttcttg gcttctctta [701 - 750] |
|---|
| 80 | |
|---|
| 81 | 'AF375552; |
|---|
| 82 | HSFAU |
|---|
| 83 | HSFAU1 caagccgtct tttctttact cagtcgccaa tatgcagctc tttgtccgcg [751 - 800] |
|---|
| 84 | |
|---|
| 85 | 'AF375552; |
|---|
| 86 | HSFAU |
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| 87 | HSFAU1 cccaggagct acacaccttc gaggtgaccg gccaggaaac ggtcgcccag [801 - 850] |
|---|
| 88 | |
|---|
| 89 | 'AF375552; |
|---|
| 90 | HSFAU |
|---|
| 91 | HSFAU1 atcaaggtaa ggctgcttgg tgcgccctgg gttccatttt cttgtgctct [851 - 900] |
|---|
| 92 | |
|---|
| 93 | 'AF375552; |
|---|
| 94 | HSFAU |
|---|
| 95 | HSFAU1 tcactctcgc ggcccgaggg aacgcttacg agccttatct ttccctgtag [901 - 950] |
|---|
| 96 | |
|---|
| 97 | 'AF375552; |
|---|
| 98 | HSFAU |
|---|
| 99 | HSFAU1 gctcatgtag cctcactgga gggcattgcc ccggaagatc aagtcgtgct [951 - 1000] |
|---|
| 100 | |
|---|
| 101 | 'AF375552; |
|---|
| 102 | HSFAU |
|---|
| 103 | HSFAU1 cctggcaggc gcgcccctgg aggatgaggc cactctgggc cagtgcgggg [1001 - 1050] |
|---|
| 104 | |
|---|
| 105 | 'AF375552; |
|---|
| 106 | HSFAU |
|---|
| 107 | HSFAU1 tggaggccct gactaccctg gaagtagcag gccgcatgct tggaggtgag [1051 - 1100] |
|---|
| 108 | |
|---|
| 109 | 'AF375552; |
|---|
| 110 | HSFAU |
|---|
| 111 | HSFAU1 tgagagagga atgttctttg aagtaccggt aagcgtctag tgagtgtggg [1101 - 1150] |
|---|
| 112 | |
|---|
| 113 | 'AF375552; |
|---|
| 114 | HSFAU |
|---|
| 115 | HSFAU1 gtgcatagtc ctgacagctg agtgtcacac ctatggtaat agagtacttc [1151 - 1200] |
|---|
| 116 | |
|---|
| 117 | 'AF375552; |
|---|
| 118 | HSFAU |
|---|
| 119 | HSFAU1 tcactgtctt cagttcagag tgattcttcc tgtttacatc cctcatgttg [1201 - 1250] |
|---|
| 120 | |
|---|
| 121 | 'AF375552; |
|---|
| 122 | HSFAU |
|---|
| 123 | HSFAU1 aacacagacg tccatgggag actgagccag agtgtagttg tatttcagtc [1251 - 1300] |
|---|
| 124 | |
|---|
| 125 | 'AF375552; |
|---|
| 126 | HSFAU |
|---|
| 127 | HSFAU1 acatcacgag atcctagtct ggttatcagc ttccacacta aaaattaggt [1301 - 1350] |
|---|
| 128 | |
|---|
| 129 | 'AF375552; |
|---|
| 130 | HSFAU |
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| 131 | HSFAU1 cagaccaggc cccaaagtgc tctataaatt agaagctgga agatcctgaa [1351 - 1400] |
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| 132 | |
|---|
| 133 | 'AF375552; |
|---|
| 134 | HSFAU |
|---|
| 135 | HSFAU1 atgaaactta agatttcaag gtcaaatatc tgcaactttg ttctcattac [1401 - 1450] |
|---|
| 136 | |
|---|
| 137 | 'AF375552; |
|---|
| 138 | HSFAU |
|---|
| 139 | HSFAU1 ctattgggcg cagcttctct ttaaaggctt gaattgagaa aagaggggtt [1451 - 1500] |
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| 140 | |
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| 141 | 'AF375552; |
|---|
| 142 | HSFAU |
|---|
| 143 | HSFAU1 ctgctgggtg gcaccttctt gctcttacct gctggtgcct tcctttccca [1501 - 1550] |
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| 144 | |
|---|
| 145 | 'AF375552; |
|---|
| 146 | HSFAU |
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| 147 | HSFAU1 ctacaggtaa agtccatggt tccctggccc gtgctggaaa agtgagaggt [1551 - 1600] |
|---|
| 148 | |
|---|
| 149 | 'AF375552; |
|---|
| 150 | HSFAU |
|---|
| 151 | HSFAU1 cagactccta aggtgagtga gagtattagt ggtcatggtg ttaggacttt [1601 - 1650] |
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| 152 | |
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| 153 | 'AF375552; |
|---|
| 154 | HSFAU |
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| 155 | HSFAU1 ttttcctttc acagctaaac caagtccctg ggctcttact cggtttgcct [1651 - 1700] |
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| 156 | |
|---|
| 157 | 'AF375552; |
|---|
| 158 | HSFAU |
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| 159 | HSFAU1 tctccctccc tggagatgag cctgagggaa gggatgctag gtgtggaaga [1701 - 1750] |
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| 160 | |
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| 161 | 'AF375552; |
|---|
| 162 | HSFAU |
|---|
| 163 | HSFAU1 caggaaccag ggcctgatta accttccctt ctccaggtgg ccaaacagga [1751 - 1800] |
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| 164 | |
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| 165 | 'AF375552; |
|---|
| 166 | HSFAU |
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| 167 | HSFAU1 gaagaagaag aagaagacag gtcgggctaa gcggcggatg cagtacaacc [1801 - 1850] |
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| 168 | |
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| 169 | 'AF375552; |
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| 170 | HSFAU |
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| 171 | HSFAU1 ggcgctttgt caacgttgtg cccacctttg gcaagaagaa gggccccaat [1851 - 1900] |
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| 172 | |
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| 173 | 'AF375552; |
|---|
| 174 | HSFAU |
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| 175 | HSFAU1 gccaactctt aagtcttttg taattctggc tttctctaat aaaaaagcca [1901 - 1950] |
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| 176 | |
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| 177 | 'AF375552; |
|---|
| 178 | HSFAU |
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| 179 | HSFAU1 cttagttcag tcatcgcatt gtttcatctt tacttgcaag gcctcaggga [1951 - 2000] |
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| 180 | |
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| 181 | 'AF375552; |
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| 182 | HSFAU |
|---|
| 183 | HSFAU1 gaggtgtgct tctcgg [2001 - 2016] |
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| 184 | ; |
|---|
| 185 | ENDBLOCK; |
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