source: trunk/lib/import/rdp.ift

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  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
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Line 
1# Modified by FOG 27.06.2009
2# start, stop added
3# type INT for start, stop added
4# acc parsing changed
5# a lot of stuff removed
6# IFNOTSET added
7
8AUTODETECT      "LOCUS       s*\nORIGIN*"
9
10DESCRIPTION    "This is a well designed reader for files from RDP."
11DESCRIPTION    "It reads a lot of additional information."
12DESCRIPTION    "Destination fields are tagged with '[RDP]'"
13
14KEYWIDTH        12
15FILETAG         RDP
16
17BEGIN           "LOCUS*"
18
19MATCH           "LOCUS *"
20                SRT             "* *=*1"
21                WRITE           "name"
22
23MATCH           "LOCUS *"
24                SRT             "* *=*1"
25                TAG             "RDP"
26                WRITE           "id"
27
28#MATCH           "LOCUS *"
29#                SRT             "     = :    = :   = :  = :* * *=*2"
30#                TAG             "RDP"
31#                WRITE           "db_nuc"
32
33MATCH           "LOCUS *"
34                SRT             "     = :    = :   = :  = :* * * * * * *=*7"
35                TAG             "RDP"
36                WRITE           "date"
37
38MATCH           "DEFINITION *"
39                TAG             "RDP"
40                WRITE           "description"
41
42MATCH           "COMMENT*Genbank*"
43                SRT             "*Genbank\: *=*2:|*=:(*=:;=:not submitted="
44                ACI             "extract_words("0123456789",4.0)"
45                WRITE           "acc"
46
47#MATCH           "COMMENT*Genbank*"
48#                SRT             "*Genbank\: *=*2:|*=:(*=:;=:not submitted="
49#                ACI             "extract_words("0123456789",4.0)"
50#                WRITE           "db_acc"
51
52#MATCH           "VERSION *"
53#                TAG             "RDP"
54#                WRITE           "version"
55
56MATCH           "KEYWORDS"
57 #               TAG             "RDP"
58                WRITE           "keywd_RDP"
59
60#MATCH           "SOURCE *"
61#                TAG             "RDP"
62#                WRITE           "source"
63
64MATCH           "  ORGANISM *"
65#                TAG             "RDP"
66                SRT             "*|*=*1"
67                WRITE           "tax_rdp_name"
68
69MATCH           "  ORGANISM *"
70#                TAG             "RDP"
71                SRT             "*|*=*2"
72                WRITE           "tax_rdp"
73
74MATCH           "  ORGANISM *"
75                SRT             "* * *=*1 *2:*|*=*1"
76                WRITE           "full_name"
77
78MATCH           "REFERENCE *"
79                SRT             "* *=*1"
80                SETVAR          x
81                IFNOTSET        x "No REFERENCE entry seen"
82#                TAG             "RDP"
83#                APPEND          "num_bib"
84
85MATCH           "REFERENCE *"
86                SRT             "(=:)=:?*=(?)*"
87#                TAG             "RDP"
88                APPEND          "nuc_rp"
89
90MATCH           "  AUTHORS *"
91                SRT             "*=($x)\: *"
92#                TAG             "RDP"
93                APPEND          "author"
94
95MATCH           "  TITLE *"
96                SRT             "*=($x)\: *"
97#                TAG             "RDP"
98                APPEND          "title"
99
100MATCH           "  JOURNAL *"
101                SRT             "*=($x)\: *"
102#                TAG             "RDP"
103                APPEND          "journal"
104
105#MATCH           "  MEDLINE *"
106#                SRT             "*=($x)\: *"
107#                TAG             "RDP"
108#                APPEND          "medline_id"
109
110MATCH           "     source*cell_line*"
111                SRT             "*/cell_line\=\"*\"*=*2"
112                TAG             "RDP"
113                WRITE           "cell_line"
114
115MATCH           "     source*cell_type*"
116                SRT             "*/cell_type\=\"*\"*=*2"
117                TAG             "RDP"
118                WRITE           "cell_type
119
120MATCH           "     source*cultivar*"
121                SRT             "*/cultivar\=\"*\"*=*2"
122                TAG             "RDP"
123                WRITE           "cultivar"
124
125MATCH           "     source*db_xref*"
126                SRT             "*/db_xref\=\"*\"*=*2"
127                TAG             "RDP"
128                WRITE           "tax_xref_embl"
129
130MATCH           "     source*isolate*"
131                SRT             "*/isolate\=\"*\"*=*2"
132                TAG             "RDP"
133                WRITE           "isolate"
134
135MATCH           "     source*isolation_source*"
136                SRT             "*/isolation_source\=\"*\"*=*2"
137                TAG             "RDP"
138                WRITE           "isolation_source"
139
140MATCH           "     source*clone*"
141                SRT             "*/clone\=\"*\"*=*2"
142                TAG             "RDP"
143                WRITE           "clone"
144
145MATCH           "     source*map*"
146                SRT             "*/map\=\"*\"*=*2"
147                TAG             "RDP"
148                WRITE           "map"
149
150MATCH           "     source*organelle*"
151                SRT             "*/organelle\=\"*\"*=*2"
152                TAG             "RDP"
153                WRITE           "organelle"
154
155MATCH           "     source*plasmid*"
156                SRT             "*/plasmid\=\"*\"*=*2"
157                TAG             "RDP"
158                WRITE           "plasmid"
159
160MATCH           "     source*sero_type*"
161                SRT             "*/sero_type\=\"*\"*=*2"
162                TAG             "RDP"
163                WRITE           "serotype"
164
165MATCH           "     source*sero_var*"
166                SRT             "*/sero_var\=\"*\"*=*2"
167                TAG             "RDP"
168                WRITE           "serovar"
169
170MATCH           "     source*specimen_voucher*"
171                SRT             "*/specimen_voucher\=\"*\"*=*2"
172                TAG             "RDP"
173                WRITE           "voucher"
174
175MATCH           "     source*specific_host*"
176                SRT             "*/specific_host\=\"*\"*=*2"
177                TAG             "RDP"
178                WRITE           "host"
179
180MATCH           "     source*strain=*"
181#                TAG             "RDP"
182                SRT             "*strain\=\"*\"*=*2"
183                WRITE           "strain"
184
185MATCH           "     source*sub_species=*"
186                TAG             "RDP"
187                SRT             "*sub_species\=\"*\"*=*2"
188                WRITE           "subspec"
189
190MATCH           "     source*sub_strain=*"
191                TAG             "RDP"
192                SRT             "*sub_strain\=\"*\"*=*2"
193                WRITE           "substrain"
194
195MATCH           "     source*tissue_type=*"
196                TAG             "RDP"
197                SRT             "*tissue_type\=\"*\"*=*2"
198                WRITE           "tissue"
199
200MATCH           "     source*note*"
201                SRT             "*/note\=\"*\"*=*2"
202                TAG             "RDP"
203                WRITE           "note"
204
205MATCH           "     rRNA*db_xref*"
206                SRT             "*/db_xref\=\"*\"*=*2"
207                TAG             "RDP"
208                APPEND          "tax_xref_embl"
209
210MATCH           "     rRNA*evidence*"
211                SRT             "*/evidence\=\"*\"*=*2"
212                TAG             "RDP"
213                APPEND          "evidence"
214
215MATCH           "     rRNA*allele*"
216                SRT             "*/allele\=\"*\"*=*2"
217                TAG             "RDP"
218                APPEND          "allele"
219
220MATCH           "     rRNA*function*"
221                SRT             "*/function\=\"*\"*=*2"
222                TAG             "RDP"
223                APPEND          "function"
224
225MATCH           "     rRNA*citation*"
226                SRT             "*/citation\=\"*\"*=*2"
227                TAG             "RDP"
228                APPEND          "citation"
229
230MATCH           "     rRNA*gene*"
231                SRT             "*/gene\=\"*\"*=*2"
232                TAG             "RDP"
233                APPEND          "gene"
234
235MATCH           "     rRNA*map*"
236                SRT             "*/map\=\"*\"*=*2"
237                TAG             "RDP"
238                APPEND          "map"
239
240MATCH           "     rRNA*note*"
241                SRT             "*/note\=\"*\"*=*2"
242                TAG             "RDP"
243                APPEND          "note"
244
245MATCH           "     rRNA*operon*"
246                SRT             "*/operon\=\"*\"*=*2"
247                TAG             "RDP"
248                APPEND          "operon"
249
250MATCH           "     rRNA*product*"
251                SRT             "*/product\=\"*\"*=*2"
252                TAG             "RDP"
253                APPEND          "product"
254
255MATCH           "     rRNA*"
256                SRT             "*..*=*1:<=:>="
257                WRITE_INT       "start"
258
259MATCH           "     rRNA *"
260                SRT             "*..*=*2:<=:>=:*|*=*1"
261                WRITE_INT       "stop"
262
263SEQUENCEAFTER   "ORIGIN*"
264SEQUENCESRT     " =:~=.:*Check*..="
265SEQUENCEACI     "remove("0123456789 /")"
266SEQUENCECOLUMN  0
267SEQUENCEEND     "//"
268CREATE_ACC_FROM_SEQUENCE
269
270END             "//"
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.