source: branches/port5/TOOLS/arb_probe.cxx

Last change on this file was 6143, checked in by westram, 15 years ago
  • backport [6141] (parts changing code, but only strings and comments)
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 10.0 KB
Line 
1#include <stdio.h>
2#include <stdlib.h>
3#include <memory.h>
4// #include <malloc.h>
5#include <string.h>
6
7#include <PT_com.h>
8#include <client.h>
9
10#include <arbdb.h>
11#include <servercntrl.h>
12
13struct apd_sequence {
14    apd_sequence *next;
15    const char *sequence;
16};
17
18struct Params{
19    int         DESIGNCPLIPOUTPUT;
20    int         SERVERID;
21    const char *DESINGNAMES;
22    int         DESIGNPROBELENGTH;
23    const char *DESIGNSEQUENCE;
24
25    int         MINTEMP;
26    int         MAXTEMP;
27    int         MINGC;
28    int         MAXGC;
29    int         MAXBOND;
30    int         MINPOS;
31    int         MAXPOS;
32    int         MISHIT;
33    int         MINTARGETS;
34    const char *SEQUENCE;
35    int         MISMATCHES;
36    int         COMPLEMENT;
37    int         WEIGHTED;
38
39    apd_sequence *sequence;
40} P;
41
42
43struct gl_struct {
44    aisc_com *link;
45    T_PT_LOCS locs;
46    T_PT_MAIN com;
47    int pd_design_id;
48} pd_gl;
49
50
51int init_local_com_struct()
52{
53    const char *user = GB_getenvUSER();
54
55    if( aisc_create(pd_gl.link, PT_MAIN, pd_gl.com,
56                    MAIN_LOCS, PT_LOCS, &pd_gl.locs,
57                    LOCS_USER, user,
58                    NULL)){
59        return 1;
60    }
61    return 0;
62}
63
64void aw_message(const char *error){
65    printf("%s\n",error);
66}
67
68static const char *AP_probe_pt_look_for_server()
69{
70    char choice[256];
71    sprintf(choice,"ARB_PT_SERVER%i",P.SERVERID);
72   
73    GB_ERROR error = arb_look_and_start_server(AISC_MAGIC_NUMBER,choice,0);
74    if (error) {
75        aw_message(error);
76        return 0;
77    }
78    return GBS_read_arb_tcp(choice);
79}
80
81
82int probe_design_send_data(T_PT_PDC  pdc) {
83    //    int i;
84    //    char buffer[256];
85
86    if (aisc_put(pd_gl.link,PT_PDC, pdc, PDC_CLIPRESULT, P.DESIGNCPLIPOUTPUT, NULL))
87        return 1;
88
89    return 0;
90}
91
92void AP_probe_design_event() {
93    T_PT_PDC     pdc;
94    T_PT_TPROBE  tprobe;
95    bytestring   bs;
96    char        *match_info;
97
98    {
99        const char *servername = AP_probe_pt_look_for_server();
100       
101        if (!servername) return;
102        pd_gl.link = (aisc_com *)aisc_open(servername, &pd_gl.com,AISC_MAGIC_NUMBER);
103    }
104
105    if (!pd_gl.link) {
106        aw_message ("Cannot contact Probe bank server ");
107        return;
108    }
109    if (init_local_com_struct() ) {
110        aw_message ("Cannot contact Probe bank server (2)");
111        return;
112    }
113
114    bs.data = (char*)(P.DESINGNAMES);
115    bs.size = strlen(bs.data)+1;
116
117    aisc_create(pd_gl.link,PT_LOCS, pd_gl.locs,
118                LOCS_PROBE_DESIGN_CONFIG, PT_PDC,   &pdc,
119                PDC_PROBELENGTH,P.DESIGNPROBELENGTH,
120                PDC_MINTEMP,    (double)P.MINTEMP,
121                PDC_MAXTEMP,    (double)P.MAXTEMP,
122                PDC_MINGC,  P.MINGC/100.0,
123                PDC_MAXGC,  P.MAXGC/100.0,
124                PDC_MAXBOND,    (double)P.MAXBOND,
125                NULL);
126    aisc_put(pd_gl.link,PT_PDC, pdc,
127             PDC_MINPOS,    P.MINPOS,
128             PDC_MAXPOS,    P.MAXPOS,
129             PDC_MISHIT,    P.MISHIT,
130             PDC_MINTARGETS,    P.MINTARGETS/100.0,
131             NULL);
132
133    if (probe_design_send_data(pdc)) {
134        aw_message ("Connection to PT_SERVER lost (1)");
135        return;
136    }
137    apd_sequence *s;
138    for ( s= P.sequence; s; s = s->next){
139        bytestring bs_seq;
140        T_PT_SEQUENCE pts;
141        bs_seq.data = (char*)s->sequence;
142        bs_seq.size = strlen(bs_seq.data)+1;
143        aisc_create(pd_gl.link, PT_PDC, pdc,
144                    PDC_SEQUENCE, PT_SEQUENCE, &pts,
145                    SEQUENCE_SEQUENCE, &bs_seq,
146                    NULL);
147    }
148
149    aisc_put(pd_gl.link,PT_PDC, pdc,
150             PDC_NAMES,&bs,
151             PDC_GO, 0,
152             NULL);
153
154    {
155        char *locs_error = 0;
156        if (aisc_get( pd_gl.link, PT_LOCS, pd_gl.locs,
157                      LOCS_ERROR    ,&locs_error,
158                      NULL)){
159            aw_message ("Connection to PT_SERVER lost (1)");
160            return;
161        }
162        if (*locs_error) {
163            aw_message(locs_error);
164        }
165        delete locs_error;
166    }
167
168    aisc_get( pd_gl.link, PT_PDC, pdc,
169              PDC_TPROBE, &tprobe,
170              NULL);
171
172
173    if (tprobe) {
174        aisc_get( pd_gl.link, PT_TPROBE, tprobe,
175                  TPROBE_INFO_HEADER,   &match_info,
176                  NULL);
177        printf("%s\n",match_info);
178        free(match_info);
179    }
180
181
182    while ( tprobe ){
183        if (aisc_get( pd_gl.link, PT_TPROBE, tprobe,
184                      TPROBE_NEXT,      &tprobe,
185                      TPROBE_INFO,      &match_info,
186                      NULL)) break;
187        printf("%s\n",match_info);
188    }
189    aisc_close(pd_gl.link); pd_gl.link = 0;
190    return;
191}
192
193void AP_probe_match_event()
194{
195    T_PT_PDC        pdc;
196    T_PT_MATCHLIST  match_list;
197    char           *probe = 0;
198    char           *locs_error;
199
200    {
201        const char *servername = AP_probe_pt_look_for_server();
202       
203        if (!servername) return;
204        pd_gl.link = (aisc_com *)aisc_open(servername, &pd_gl.com,AISC_MAGIC_NUMBER);
205    }
206
207    if (!pd_gl.link) {
208        aw_message ("Cannot contact Probe bank server ");
209        return;
210    }
211    if (init_local_com_struct() ) {
212        aw_message ("Cannot contact Probe bank server (2)");
213        return;
214    }
215
216    aisc_create(pd_gl.link,PT_LOCS, pd_gl.locs,
217                LOCS_PROBE_DESIGN_CONFIG, PT_PDC,   &pdc,
218                NULL);
219    if (probe_design_send_data(pdc)) {
220        aw_message ("Connection to PT_SERVER lost (2)");
221        return;
222    }
223
224
225
226    if (aisc_nput(pd_gl.link,PT_LOCS, pd_gl.locs,
227                  LOCS_MATCH_REVERSED,      P.COMPLEMENT,
228                  LOCS_MATCH_SORT_BY,       P.WEIGHTED,
229                  LOCS_MATCH_COMPLEMENT,        0,
230                  LOCS_MATCH_MAX_MISMATCHES,    P.MISMATCHES,
231                  LOCS_MATCH_MAX_SPECIES,       100000,
232                  LOCS_SEARCHMATCH,     P.SEQUENCE,
233                  NULL)){
234        free(probe);
235        aw_message ("Connection to PT_SERVER lost (2)");
236        return;
237    }
238
239    long match_list_cnt;
240    bytestring bs;
241    bs.data = 0;
242    aisc_get( pd_gl.link, PT_LOCS, pd_gl.locs,
243              LOCS_MATCH_LIST,  &match_list,
244              LOCS_MATCH_LIST_CNT,  &match_list_cnt,
245              LOCS_MATCH_STRING,    &bs,
246              LOCS_ERROR,       &locs_error,
247              NULL);
248    if (*locs_error) {
249        aw_message(locs_error);
250    }
251    free(locs_error);
252
253    char toksep[2];
254    toksep[0] = 1;
255    toksep[1] = 0;
256    printf("%s\n",bs.data);
257
258    aisc_close(pd_gl.link);
259    free(bs.data);
260
261    return;
262}
263
264int pargc;
265char **pargv;
266int helpflag;
267
268int getInt(const char *param, int val, int min, int max, const char *description){
269    if (helpflag){
270        printf("    %s=%3i [%3i:%3i] %s\n",param,val,min,max,description);
271        return 0;
272    }
273    int   i;
274    char *s = 0;
275
276    arb_assert(pargc >= 1);     // otherwise s stays 0
277
278    for (i=1;i<pargc;i++){
279        s = pargv[i];
280        if (*s == '-') s++;
281        if (!strncasecmp(s,param,strlen(param))) break;
282    }
283    if (i==pargc) return val;
284    s+= strlen(param);
285    if (*s != '=') return val;
286    s++;
287    val = atoi(s);
288    pargc--;        // remove parameter
289    for (;i<pargc;i++){
290        pargv[i] = pargv[i+1];
291    }
292
293    if (val<min) val = min;
294    if (val>max) val = max;
295    return val;
296}
297
298const char *getString(const char *param, const char *val, const char *description){
299    if (helpflag){
300        if (!val) val = "";
301        printf("    %s=%s   %s\n",param,val,description);
302        return 0;
303    }
304    int   i;
305    char *s = 0;
306
307    arb_assert(pargc >= 1);     // otherwise s stays 0
308
309    for (i=1;i<pargc;i++){
310        s = pargv[i];
311        if (*s == '-') s++;
312        if (!strncasecmp(s,param,strlen(param))) break;
313    }
314    if (i==pargc) return val;
315    s+= strlen(param);
316    if (*s != '=') return val;
317    s++;
318    pargc--;        // remove parameter
319    for (;i<pargc;i++){
320        pargv[i] = pargv[i+1];
321    }
322    return s;
323}
324
325int main(int argc,char ** argv){
326    pargc = argc;
327    pargv = argv;
328    if (argc<=1) helpflag = 1;
329    else        helpflag = 0;
330
331    P.SERVERID = getInt("serverid" ,0,0,100,   "Server Id, look into $ARBHOME/lib/arb_tcp.dat");
332
333    P.DESIGNCPLIPOUTPUT = getInt("designmaxhits",100,10,10000,  "Maximum Number of Probe Design Suggestions");
334    P.DESINGNAMES       = getString("designnames","",       "List of short names separated by '#'");
335    P.sequence          = 0;
336    while  ((P.DESIGNSEQUENCE = getString("designsequence",0,       "Additional Sequences, will be added to the target group"))) {
337        apd_sequence *s  = new apd_sequence;
338        s->next          = P.sequence;
339        P.sequence       = s;
340        s->sequence      = P.DESIGNSEQUENCE;
341        P.DESIGNSEQUENCE = 0;
342    }
343    P.DESIGNPROBELENGTH = getInt("designprobelength",18,10,100, "Length of probe");
344    P.MINTEMP           = getInt("designmintemp",0,0,400,   "Minimum melting temperature of probe");
345    P.MAXTEMP           = getInt("designmaxtemp",400,0,400, "Maximum melting temperature of probe");
346    P.MINGC             = getInt("desingmingc",30,0,100,    "Minimum gc content");
347    P.MAXGC             = getInt("desingmaxgc",80,0,100,    "Maximum gc content");
348    P.MAXBOND           = getInt("desingmaxbond",0,0,10,    "Not implemented");
349
350    P.MINPOS = getInt("desingminpos",0,0,10000,  "Minimum ecoli position");
351    P.MAXPOS = getInt("desingmaxpos",10000,0,10000,  "Maximum ecoli position");
352
353    P.MISHIT     = getInt("designmishit",0,0,10000,  "Number of allowed hits outside the selected group");
354    P.MINTARGETS = getInt("designmintargets",50,0,100,   "Minimum percentage of hits within the selected species");
355
356    P.SEQUENCE   = getString("matchsequence","agtagtagt","The sequence to search for");
357    P.MISMATCHES = getInt("matchmismatches", 0,0,5,  "Maximum Number of allowed mismatches");
358    P.COMPLEMENT = getInt("matchcomplement", 0,0,1,  "Match reversed and complemented probe");
359    P.WEIGHTED   = getInt("matchweighted", 0,0,1,    "Use weighted mismatches");
360
361
362    if (pargc>1){
363        printf("Unknown Parameter %s\n", pargv[1]);
364        exit(-1);
365    }
366    if (helpflag) return 0;
367
368    if (*P.DESINGNAMES || P.sequence){
369        AP_probe_design_event();
370    }else{
371        AP_probe_match_event();
372    }
373    return 0;
374}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.