source: tags/arb-6.0-rc1/ARB_GDE/GDE.cxx

Last change on this file was 11948, checked in by westram, 11 years ago
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 20.7 KB
Line 
1#include "GDE_extglob.h"
2#include "GDE_awars.h"
3
4#include <aw_window.hxx>
5#include <aw_msg.hxx>
6#include <aw_awar.hxx>
7#include <aw_file.hxx>
8#include <aw_root.hxx>
9#include <awt_sel_boxes.hxx>
10#include <awt_filter.hxx>
11
12#include <cmath>
13#include <arb_str.h>
14
15// AISC_MKPT_PROMOTE:#ifndef GDE_MENU_H
16// AISC_MKPT_PROMOTE:#include "GDE_menu.h"
17// AISC_MKPT_PROMOTE:#endif
18
19adfiltercbstruct *agde_filter = 0;
20
21Gmenu         menu[GDEMAXMENU];
22int           num_menus = 0;
23NA_Alignment *DataSet   = NULL;
24
25static char GDEBLANK[] = "\0";
26
27#define SLIDERWIDTH 5           // input field width for numbers
28
29struct gde_iteminfo {
30    GmenuItem *item;
31    int        idx;
32    gde_iteminfo(GmenuItem *item_, int idx_) : item(item_), idx(idx_) {}
33};
34
35static void GDE_showhelp_cb(AW_window *aw, GmenuItem *gmenuitem, AW_CL /* cd */) {
36    if (gmenuitem->help) {
37        AW_help_popup(aw, gmenuitem->help);
38    }
39    else {
40        aw_message("Sorry - no help available (please report to devel@arb-home.de)");
41    }
42}
43
44static char *GDE_makeawarname_in(GmenuItem *gmenuitem, long i, const char *awar_root) {
45    char *gmenu_label     = GBS_string_2_key(gmenuitem->parent_menu->label);
46    char *gmenuitem_label = GBS_string_2_key(gmenuitem->label);
47    char *arg             = GBS_string_2_key(gmenuitem->arg[i].symbol);
48
49    char *name = GBS_global_string_copy("%s/%s/%s/%s", awar_root, gmenu_label, gmenuitem_label, arg);
50
51    free(gmenu_label);
52    free(gmenuitem_label);
53    free(arg);
54
55    return name;
56}
57
58char *GDE_makeawarname(GmenuItem *gmenuitem, long i) { return GDE_makeawarname_in(gmenuitem, i, "gde"); }
59char *GDE_maketmpawarname(GmenuItem *gmenuitem, long i) { return GDE_makeawarname_in(gmenuitem, i, "tmp/gde"); }
60
61static void GDE_slide_awar_int_cb(AW_window *aws, AW_CL cl_awar_name, AW_CL cd_diff)
62{
63    int      diff = (int)cd_diff;
64    AW_awar *awar = aws->get_root()->awar((const char *)cl_awar_name);
65
66    awar->write_int(awar->read_int()+diff);
67}
68static void GDE_slide_awar_float_cb(AW_window *aws, AW_CL cl_awar_name, AW_CL cd_diff)
69{
70    double   diff    = *(double*)(char*)/*avoid aliasing problems*/cd_diff; 
71    AW_awar *awar    = aws->get_root()->awar((const char *)cl_awar_name);
72    double   new_val = awar->read_float()+diff;
73
74    if (fabs(new_val) < 0.0001) new_val = 0.0;
75    awar->write_float(new_val);
76
77    // do it again (otherwise internal awar-range correction sometimes leads to 1+eXX values)
78    new_val = awar->read_float();
79    if (fabs(new_val) < 0.0001) new_val = 0.0;
80    awar->write_float(new_val);
81}
82
83static void GDE_create_infieldwithpm(AW_window *aws, char *newawar, long width) {
84    aws->create_input_field(newawar, (int)width);
85    if (aws->get_root()->awar(newawar)->get_type() == AW_INT) {
86        aws->button_length(3);
87        char *awar = strdup(newawar);
88        aws->callback(GDE_slide_awar_int_cb, (AW_CL)awar, -1); aws->create_button(0, "-", "-");
89        aws->callback(GDE_slide_awar_int_cb, (AW_CL)awar, + 1); aws->create_button(0, "+", "+");
90    }
91    else if (aws->get_root()->awar(newawar)->get_type() == AW_FLOAT) {
92        aws->button_length(3);
93        char *awar = strdup(newawar);
94        aws->callback(GDE_slide_awar_float_cb, (AW_CL)awar, (AW_CL)new double(-0.1)); aws->create_button(0, "-", "-");
95        aws->callback(GDE_slide_awar_float_cb, (AW_CL)awar, (AW_CL)new double(+0.1)); aws->create_button(0, "+", "+");
96    }
97}
98
99static char *gde_filter_weights(GBDATA *gb_sai, AW_CL) {
100    char   *ali_name = GBT_get_default_alignment(GB_get_root(gb_sai));
101    GBDATA *gb_ali   = GB_entry(gb_sai, ali_name);
102    char   *result   = 0;
103
104    if (gb_ali) {
105        GBDATA *gb_type = GB_entry(gb_ali, "_TYPE");
106        if (gb_type) {
107            const char *type = GB_read_char_pntr(gb_type);
108
109            if (GBS_string_matches(type, "PV?:*", GB_MIND_CASE)) {
110                result = GBS_global_string_copy("%s: %s", GBT_read_name(gb_sai), type);
111            }
112
113        }
114    }
115
116    free(ali_name);
117    return result;
118
119}
120
121static AW_window *GDE_create_filename_browser_window(AW_root *aw_root, const char *awar_prefix, const char *title) {
122    AW_window_simple *aws = new AW_window_simple;
123
124    {
125        char *wid = GBS_string_2_key(awar_prefix);
126        aws->init(aw_root, wid, title);
127        free(wid);
128    }
129    aws->load_xfig("sel_box.fig");
130
131    aws->at("close");
132    aws->callback((AW_CB0) AW_POPDOWN);
133    aws->create_button("CLOSE", "CLOSE", "C");
134
135    AW_create_standard_fileselection(aws, awar_prefix);
136
137    return aws;
138}
139
140static void GDE_popup_filename_browser(AW_window *aw, AW_CL cl_iteminfo, AW_CL cl_title) {
141    gde_iteminfo *info         = (gde_iteminfo*)cl_iteminfo;
142    GmenuItem    *gmenuitem    = info->item;
143    int           idx          = info->idx;
144    char         *base_awar    = GDE_maketmpawarname(gmenuitem, idx);
145
146    static GB_HASH *popup_hash  = NULL;
147    if (!popup_hash) popup_hash = GBS_create_hash(20, GB_MIND_CASE);
148
149    AW_window *aw_browser = (AW_window*)GBS_read_hash(popup_hash, base_awar);
150    if (!aw_browser) {
151        const char *title = (const char *)cl_title;
152        aw_browser        = GDE_create_filename_browser_window(aw->get_root(), base_awar, title);
153        GBS_write_hash(popup_hash, base_awar, (long)aw_browser);
154    }
155    aw_browser->activate();
156    free(base_awar);
157}
158
159static AW_window *GDE_menuitem_cb(AW_root *aw_root, GmenuItem *gmenuitem) {
160#define BUFSIZE 200
161    char bf[BUFSIZE+1];
162    IF_ASSERTION_USED(int printed =)
163        sprintf(bf, "GDE / %s / %s", gmenuitem->parent_menu->label, gmenuitem->label);
164
165    gde_assert(printed<=BUFSIZE);
166    char seqtype = gmenuitem->seqtype;
167
168    if (gmenuitem->aws == NULL) {
169        AW_window_simple *aws = new AW_window_simple;
170        aws->init(aw_root, bf, bf);
171
172        switch (db_access.window_type) {
173            case GDE_WINDOWTYPE_DEFAULT: {
174                if (seqtype == '-') aws->load_xfig("gdeitem_simple.fig");
175                else                aws->load_xfig("gdeitem.fig");
176                break;
177            }
178            case GDE_WINDOWTYPE_EDIT4:
179                gde_assert(seqtype != '-');
180                aws->load_xfig("gde3item.fig");
181                break;
182        }
183
184        aws->set_window_size(1000, 2000);
185        aws->button_length(10);
186        aws->at(10, 10);
187        aws->auto_space(0, 10);
188
189        aws->at("help");
190        aws->callback((AW_CB2)GDE_showhelp_cb, (AW_CL)gmenuitem, 0);
191        aws->create_button("GDE_HELP", "HELP", "H");
192
193        aws->at("start");
194        aws->callback((AW_CB2)GDE_startaction_cb, (AW_CL)gmenuitem, 0);
195        aws->create_button("GO", "GO", "O");
196
197        aws->at("cancel");
198        aws->callback((AW_CB0)AW_POPDOWN);
199        aws->create_button("CLOSE", "CLOSE", "C");
200
201
202        if (gmenuitem->numinputs>0) {
203            switch (db_access.window_type) {
204                case GDE_WINDOWTYPE_DEFAULT: {
205                    if (seqtype != '-') { // '-' means "skip sequence export"
206                        aws->at("which_alignment");
207                        const char *ali_filter = seqtype == 'A' ? "pro=:ami=" : (seqtype == 'N' ? "dna=:rna=" : "*=");
208                        awt_create_selection_list_on_alignments(db_access.gb_main, (AW_window *)aws, AWAR_GDE_ALIGNMENT, ali_filter);
209
210                        aws->at("which_species");
211                        aws->create_toggle_field(AWAR_GDE_SPECIES);
212                        aws->insert_toggle("all", "a", 0);
213                        aws->insert_default_toggle("marked",   "m", 1);
214                        aws->update_toggle_field();
215
216                        if (seqtype != 'N') {
217                            aws->at("stop_codon");
218                            aws->label("Cut stop-codon");
219                            aws->create_toggle(AWAR_GDE_CUTOFF_STOPCODON);
220                        }
221                    }
222                    break;
223                }
224                case GDE_WINDOWTYPE_EDIT4:
225                    aws->at("topk"); aws->create_toggle("gde/top_area_kons");
226                    aws->at("middlek"); aws->create_toggle("gde/middle_area_kons");
227                    aws->at("topr"); aws->create_toggle("gde/top_area_remark");
228                    aws->at("middler"); aws->create_toggle("gde/middle_area_remark");
229                    aws->at("top"); aws->create_toggle("gde/top_area");
230                    aws->at("topsai"); aws->create_toggle("gde/top_area_sai");
231                    aws->at("toph"); aws->create_toggle("gde/top_area_helix");
232                    aws->at("middle"); aws->create_toggle("gde/middle_area");
233                    aws->at("middlesai"); aws->create_toggle("gde/middle_area_sai");
234                    aws->at("middleh"); aws->create_toggle("gde/middle_area_helix");
235                    break;
236            }
237
238            if (seqtype != '-') {
239                aws->at("compression");
240                aws->create_option_menu(AWAR_GDE_COMPRESSION);
241                aws->insert_option("none", "n", COMPRESS_NONE);
242                aws->insert_option("vertical gaps", "v", COMPRESS_VERTICAL_GAPS);
243                aws->insert_default_option("columns w/o info", "i", COMPRESS_NONINFO_COLUMNS);
244                aws->insert_option("all gaps", "g", COMPRESS_ALL);
245                aws->update_option_menu();
246
247                aws->button_length(12);
248                aws->at("filtername");
249                if (!agde_filter) { // create only one filter - used for all GDE calls
250                    agde_filter = awt_create_select_filter(aws->get_root(), db_access.gb_main, AWAR_GDE_FILTER_NAME);
251                }
252                aws->callback(makeCreateWindowCallback(awt_create_select_filter_win, agde_filter));
253                aws->create_button("SELECT_FILTER", AWAR_GDE_FILTER_NAME);
254            }
255
256            aws->at("paramsb");
257        }
258        else {
259            aws->at("paramsb");
260        }
261
262
263        int labellength = 1;
264        long i;
265        for (i=0; i<gmenuitem->numargs; i++) {
266            if (!(gmenuitem->arg[i].label)) gmenuitem->arg[i].label = GDEBLANK;
267
268            const char *label    = gmenuitem->arg[i].label;
269            const char *linefeed = strchr(label, '\n');
270
271            int lablen;
272            while (linefeed) {
273                lablen = linefeed-label;
274                if (lablen>labellength) {
275                    labellength = lablen;
276                }
277                label    = linefeed+1;
278                linefeed = strchr(label, '\n');
279            }
280
281            lablen = strlen(label);
282            if (lablen>labellength) {
283                labellength = lablen;
284            }
285        }
286        aws->label_length(labellength);
287        aws->auto_space(0, 0);
288
289        for (i=0; i<gmenuitem->numargs; i++) {
290            GmenuItemArg itemarg = gmenuitem->arg[i];
291
292            if (itemarg.type==SLIDER) {
293                char *newawar=GDE_makeawarname(gmenuitem, i);
294                if (int(itemarg.fvalue) == itemarg.fvalue &&
295                     int(itemarg.min) == itemarg.min &&
296                     int(itemarg.max) == itemarg.max) {
297                    aw_root->awar_int(newawar, (long)itemarg.fvalue, AW_ROOT_DEFAULT);
298                }
299                else {
300                    aw_root->awar_float(newawar, itemarg.fvalue, AW_ROOT_DEFAULT);
301                }
302                aw_root->awar(newawar)->set_minmax(itemarg.min, itemarg.max);
303                aws->label(itemarg.label);
304                aws->sens_mask(itemarg.active_mask);
305                GDE_create_infieldwithpm(aws, newawar, SLIDERWIDTH);
306                // maybe bound checking //
307                free(newawar);
308            }
309            else if (itemarg.type==CHOOSER) {
310                char    *defopt           = itemarg.choice[0].method;
311                char    *newawar          = GDE_makeawarname(gmenuitem, i);
312                AW_awar *curr_awar        = aw_root->awar_string(newawar, defopt, AW_ROOT_DEFAULT);
313                char    *curr_value       = curr_awar->read_string();
314                bool     curr_value_legal = false;
315
316                aws->label(itemarg.label);
317                aws->sens_mask(itemarg.active_mask);
318                if ((strcasecmp(itemarg.choice[0].label, "no") == 0) ||
319                    (strcasecmp(itemarg.choice[0].label, "yes") == 0))
320                {
321                    aws->create_toggle_field(newawar, 1);
322                }
323                else {
324                    aws->create_toggle_field(newawar);
325                }
326
327                for (long j=0; j<itemarg.numchoices; j++) {
328                    if (strcmp(itemarg.choice[j].method, curr_value) == 0) curr_value_legal = true;
329
330                    if (!j) {
331                        aws->insert_default_toggle(itemarg.choice[j].label, "1", itemarg.choice[j].method);
332                    }
333                    else {
334                        aws->insert_toggle(itemarg.choice[j].label, "1", itemarg.choice[j].method);
335                    }
336                }
337                if (!curr_value_legal) curr_awar->write_string(defopt); // if saved value no longer occurs in choice -> overwrite with default
338                free(curr_value);
339                aws->update_toggle_field();
340                free(newawar);
341            }
342            else if (itemarg.type==CHOICE_MENU) {
343                char    *defopt           = itemarg.choice[itemarg.ivalue].method;
344                char    *newawar          = GDE_makeawarname(gmenuitem, i);
345                AW_awar *curr_awar        = aw_root->awar_string(newawar, defopt, AW_ROOT_DEFAULT);
346                char    *curr_value       = curr_awar->read_string();
347                bool     curr_value_legal = false;
348
349                if (itemarg.label[0]) aws->label(itemarg.label);
350                aws->sens_mask(itemarg.active_mask);
351                aws->create_option_menu(newawar);
352
353                for (long j=0; j<itemarg.numchoices; j++) {
354                    if (strcmp(itemarg.choice[j].method, curr_value) == 0) curr_value_legal = true;
355                    aws->insert_option(itemarg.choice[j].label, "1", itemarg.choice[j].method);
356                }
357                if (!curr_value_legal) curr_awar->write_string(defopt); // if saved value no longer occurs in choice -> overwrite with default
358                free(curr_value);
359                aws->update_option_menu();
360                free(newawar);
361            }
362            else if (itemarg.type==TEXTFIELD) {
363                char *defopt  = itemarg.textvalue;
364                char *newawar = GDE_makeawarname(gmenuitem, i);
365                aw_root->awar_string(newawar, defopt, AW_ROOT_DEFAULT);
366                aws->label(itemarg.label);
367                aws->sens_mask(itemarg.active_mask);
368                aws->create_input_field(newawar, itemarg.textwidth);  // TEXTFIELDWIDTH
369                free(newawar);
370            }
371            else if (itemarg.type==FILE_SELECTOR) {
372                char *base_awar = GDE_maketmpawarname(gmenuitem, i);
373                char *name_awar = GBS_global_string_copy("%s/file_name", base_awar);
374
375                AW_create_fileselection_awars(aw_root, base_awar, "", itemarg.textvalue, "");
376
377                aws->label(itemarg.label);
378                aws->sens_mask(itemarg.active_mask);
379                aws->create_input_field(name_awar, 40);
380                aws->callback(GDE_popup_filename_browser, (AW_CL)new gde_iteminfo(gmenuitem, i), (AW_CL)strdup(itemarg.label));
381                aws->create_button("", "Browse");
382
383                free(name_awar);
384                free(base_awar);
385            }
386            else if (itemarg.type==CHOICE_TREE) {
387                char *defopt=itemarg.textvalue;
388                char *newawar=GDE_makeawarname(gmenuitem, i);
389                aw_root->awar_string(newawar, defopt, AW_ROOT_DEFAULT);
390                aws->sens_mask(itemarg.active_mask);
391                if (itemarg.label[0]) aws->create_button(NULL, itemarg.label);
392                awt_create_selection_list_on_trees(db_access.gb_main, aws, newawar);
393                free(newawar);
394            }
395            else if (itemarg.type==CHOICE_SAI) {
396                char *defopt=itemarg.textvalue;
397                char *newawar=GDE_makeawarname(gmenuitem, i);
398                aw_root->awar_string(newawar, defopt, AW_ROOT_DEFAULT);
399                aws->sens_mask(itemarg.active_mask);
400                if (itemarg.label[0]) aws->create_button(NULL, itemarg.label);
401                awt_create_selection_list_on_sai(db_access.gb_main, aws, newawar);
402                free(newawar);
403            }
404            else if (itemarg.type==CHOICE_WEIGHTS) {
405                char *defopt=itemarg.textvalue;
406                char *newawar=GDE_makeawarname(gmenuitem, i);
407                aw_root->awar_string(newawar, defopt, AW_ROOT_DEFAULT);
408                aws->sens_mask(itemarg.active_mask);
409                if (itemarg.label[0]) aws->create_button(NULL, itemarg.label);
410                AWT_sai_selection *id = awt_create_selection_list_on_sai(db_access.gb_main, aws, newawar, gde_filter_weights);
411                free(newawar);
412                aw_root->awar(AWAR_GDE_ALIGNMENT)->add_callback(makeRootCallback(awt_selection_list_on_sai_update_cb, id));
413            }
414
415            aws->at_newline();
416        }
417        aws->at_newline();
418        aws->window_fit();
419
420        gmenuitem->aws = aws;
421    }
422    return gmenuitem->aws;
423#undef BUFSIZE
424}
425
426
427
428
429void GDE_load_menu(AW_window *awm, AW_active /*mask*/, const char *menulabel) {
430    // Load GDE menu items.
431    //
432    // If 'menulabel' == NULL -> load all menus
433    // Else                   -> load specified menu
434    //
435    // Always loads complete menu(s).
436
437    gde_assert(db_access.gb_main); // forgot to call GDE_create_var() ?
438
439    char hotkey[]   = "x";
440    bool menuloaded = false;
441    bool itemloaded = false;
442
443    for (long nmenu = 0; nmenu<num_menus; nmenu++) {
444        {
445            const char *menuname = menu[nmenu].label;
446            if (menulabel) {
447                if (strcmp(menulabel, menuname)) {
448                    continue;
449                }
450            }
451            else {
452                hotkey[0] = menu[nmenu].meta;
453                awm->insert_sub_menu(menuname, hotkey, menu[nmenu].active_mask);
454            }
455        }
456
457        menuloaded = true;
458
459        long num_items = menu[nmenu].numitems;
460        for (long nitem=0; nitem<num_items; nitem++) {
461            GmenuItem *menuitem=&menu[nmenu].item[nitem];
462            itemloaded = true;
463            gde_assert(!menuitem->help || ARB_strBeginsWith(menuitem->help, "agde_"));
464            hotkey[0] = menuitem->meta;
465            awm->insert_menu_topic(menuitem->label, menuitem->label, hotkey,
466                                   menuitem->help, menuitem->active_mask,
467                                   AW_POPUP, (AW_CL)GDE_menuitem_cb, (AW_CL)menuitem);
468        }
469
470        if (!menulabel) {
471            awm->close_sub_menu();
472        }
473    }
474
475    if (!menuloaded && menulabel) {
476        fprintf(stderr, "GDE-Warning: Could not find requested menu '%s'\n", menulabel);
477    }
478}
479
480struct gde_database_access db_access = { NULL, GDE_WINDOWTYPE_DEFAULT, 0, NULL};
481
482GB_ERROR GDE_create_var(AW_root *aw_root, AW_default aw_def, GBDATA *gb_main, GDE_get_sequences_cb get_sequences, gde_window_type window_type, AW_CL client_data) {
483    db_access.get_sequences = get_sequences;
484    db_access.window_type   = window_type;
485    db_access.client_data   = client_data;
486    db_access.gb_main       = gb_main;
487
488    aw_root->awar_string(AWAR_GDE_ALIGNMENT, "", aw_def);
489
490    switch (db_access.window_type) {
491        case GDE_WINDOWTYPE_EDIT4:
492            aw_root->awar_int("gde/top_area_kons",      1, aw_def);
493            aw_root->awar_int("gde/top_area_remark",    1, aw_def);
494            aw_root->awar_int("gde/middle_area_kons",   1, aw_def);
495            aw_root->awar_int("gde/middle_area_remark", 1, aw_def);
496            aw_root->awar_int("gde/top_area",           1, aw_def);
497            aw_root->awar_int("gde/top_area_sai",       1, aw_def);
498            aw_root->awar_int("gde/top_area_helix",     1, aw_def);
499            aw_root->awar_int("gde/middle_area",        1, aw_def);
500            aw_root->awar_int("gde/middle_area_sai",    1, aw_def);
501            aw_root->awar_int("gde/middle_area_helix",  1, aw_def);
502            aw_root->awar_int("gde/bottom_area",        1, aw_def);
503            aw_root->awar_int("gde/bottom_area_sai",    1, aw_def);
504            aw_root->awar_int("gde/bottom_area_helix",  1, aw_def);
505            break;
506        case GDE_WINDOWTYPE_DEFAULT:
507            break;
508    }
509
510    aw_root->awar_string("presets/use",             "", db_access.gb_main);
511   
512    aw_root->awar_string(AWAR_GDE_FILTER_NAME,      "", aw_def);
513    aw_root->awar_string(AWAR_GDE_FILTER_FILTER,    "", aw_def);
514    aw_root->awar_string(AWAR_GDE_FILTER_ALIGNMENT, "", aw_def);
515
516    aw_root->awar_int(AWAR_GDE_CUTOFF_STOPCODON, 0, aw_def);
517    aw_root->awar_int(AWAR_GDE_SPECIES,          1, aw_def);
518
519    aw_root->awar_int(AWAR_GDE_COMPRESSION, COMPRESS_NONINFO_COLUMNS, aw_def);
520
521    aw_root->awar(AWAR_GDE_ALIGNMENT)->map("presets/use");
522    aw_root->awar(AWAR_GDE_FILTER_ALIGNMENT)->map("presets/use");
523
524    DataSet = (NA_Alignment *) Calloc(1, sizeof(NA_Alignment));
525    DataSet->rel_offset = 0;
526    return LoadMenus();
527}
528
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.