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1/*ARBDB ASCII*/
2tmp                     %% (%
3        message                 %% (%
4                pending                 %% (%
5                        %) /*pending*/
6
7                %) /*message*/
8
9        %) /*tmp*/
10
11species_data    :7000   %% (%
12        species                 %$ (%
13                name                    "genome00"
14                ARB_imported_from               "AB735678.txt"
15                ARB_imported_format             "EMBL"
16                gene_data               %% (%
17                        gene                    %% (%
18                                name                    "source"
19                                type                    "source"
20                                ARB_display_hidden              %y 1
21                                pos_start               "1"
22                                pos_stop                "15341"
23                                pos_complement          "0"
24                                pos_certain             "=="
25                                db_xref                 "taxon:497819"
26                                isolate                 "CJP-YT-2012"
27                                mol_type                "genomic DNA"
28                                organelle               "mitochondrion"
29                                organism                "Chionoecetes japonicus pacificus"
30                                sub_species             "pacificus"
31                                %) /*gene*/
32
33                        gene                    %% (%
34                                name                    "CDS_COI_CytochromeOxidaseSubun"
35                                type                    "CDS"
36                                pos_start               "1"
37                                pos_stop                "1528"
38                                pos_complement          "0"
39                                pos_certain             "=="
40                                codon_start             "1"
41                                gene                    "COI"
42                                note                    "TAA stop codon is completed by the addition of 3' Aresidues to the mRNA."
43                                product                 "cytochrome oxidase subunit I"
44                                protein_id              "BAN60008.1"
45                                transl_except           "(pos:1528,aa:TERM)"
46                                transl_table            "5"
47                                ARB_translation_rm              %y 1
48                                %) /*gene*/
49
50                        gene                    %% (%
51                                name                    "tRNA_TRNALeu"
52                                type                    "tRNA"
53                                pos_start               "1532"
54                                pos_stop                "1596"
55                                pos_complement          "0"
56                                pos_certain             "=="
57                                product                 "tRNA-Leu"
58                                %) /*gene*/
59
60                        gene                    %% (%
61                                name                    "CDS_COII_CytochromeOxidaseSubu"
62                                type                    "CDS"
63                                pos_start               "1606"
64                                pos_stop                "2293"
65                                pos_complement          "0"
66                                pos_certain             "=="
67                                codon_start             "1"
68                                gene                    "COII"
69                                note                    "TAA stop codon is completed by the addition of 3' Aresidues to the mRNA."
70                                product                 "cytochrome oxidase subunit II"
71                                protein_id              "BAN60009.1"
72                                transl_except           "(pos:2293,aa:TERM)"
73                                transl_table            "5"
74                                ARB_translation_rm              %y 1
75                                %) /*gene*/
76
77                        gene                    %% (%
78                                name                    "tRNA_TRNALys"
79                                type                    "tRNA"
80                                pos_start               "2294"
81                                pos_stop                "2360"
82                                pos_complement          "0"
83                                pos_certain             "=="
84                                product                 "tRNA-Lys"
85                                %) /*gene*/
86
87                        gene                    %% (%
88                                name                    "tRNA_TRNAAsp"
89                                type                    "tRNA"
90                                pos_start               "2361"
91                                pos_stop                "2425"
92                                pos_complement          "0"
93                                pos_certain             "=="
94                                product                 "tRNA-Asp"
95                                %) /*gene*/
96
97                        gene                    %% (%
98                                name                    "CDS_ATP8_ATPase8X"
99                                type                    "CDS"
100                                pos_start               "2426"
101                                pos_stop                "2584"
102                                pos_complement          "0"
103                                pos_certain             "=="
104                                codon_start             "1"
105                                gene                    "ATP8"
106                                product                 "ATPase8"
107                                protein_id              "BAN60010.1"
108                                transl_table            "5"
109                                ARB_translation_rm              %y 1
110                                %) /*gene*/
111
112                        gene                    %% (%
113                                name                    "CDS_ATP6_ATPase6X"
114                                type                    "CDS"
115                                pos_start               "2578"
116                                pos_stop                "3252"
117                                pos_complement          "0"
118                                pos_certain             "=="
119                                codon_start             "1"
120                                gene                    "ATP6"
121                                product                 "ATPase6"
122                                protein_id              "BAN60011.1"
123                                transl_table            "5"
124                                ARB_translation_rm              %y 1
125                                %) /*gene*/
126
127                        gene                    %% (%
128                                name                    "CDS_COIII_CytochromeOxidaseSub"
129                                type                    "CDS"
130                                pos_start               "3252"
131                                pos_stop                "4042"
132                                pos_complement          "0"
133                                pos_certain             "=="
134                                codon_start             "1"
135                                gene                    "COIII"
136                                note                    "TAA stop codon is completed by the addition of 3' Aresidues to the mRNA."
137                                product                 "cytochrome oxidase subunit III"
138                                protein_id              "BAN60012.1"
139                                transl_except           "(pos:4041..4042,aa:TERM)"
140                                transl_table            "5"
141                                ARB_translation_rm              %y 1
142                                %) /*gene*/
143
144                        gene                    %% (%
145                                name                    "tRNA_TRNAGly"
146                                type                    "tRNA"
147                                pos_start               "4043"
148                                pos_stop                "4106"
149                                pos_complement          "0"
150                                pos_certain             "=="
151                                product                 "tRNA-Gly"
152                                %) /*gene*/
153
154                        gene                    %% (%
155                                name                    "CDS_NAD3_NADHDehydrogenaseSubu"
156                                type                    "CDS"
157                                pos_start               "4107"
158                                pos_stop                "4460"
159                                pos_complement          "0"
160                                pos_certain             "=="
161                                codon_start             "1"
162                                gene                    "NAD3"
163                                product                 "NADH dehydrogenase subunit 3"
164                                protein_id              "BAN60013.1"
165                                transl_table            "5"
166                                ARB_translation_rm              %y 1
167                                %) /*gene*/
168
169                        gene                    %% (%
170                                name                    "tRNA_TRNAAsn"
171                                type                    "tRNA"
172                                pos_start               "4589"
173                                pos_stop                "4654"
174                                pos_complement          "0"
175                                pos_certain             "=="
176                                product                 "tRNA-Asn"
177                                %) /*gene*/
178
179                        gene                    %% (%
180                                name                    "tRNA_TRNASer_1"
181                                type                    "tRNA"
182                                pos_start               "4658"
183                                pos_stop                "4727"
184                                pos_complement          "0"
185                                pos_certain             "=="
186                                product                 "tRNA-Ser"
187                                %) /*gene*/
188
189                        gene                    %% (%
190                                name                    "tRNA_TRNAGlu"
191                                type                    "tRNA"
192                                pos_start               "4729"
193                                pos_stop                "4796"
194                                pos_complement          "0"
195                                pos_certain             "=="
196                                product                 "tRNA-Glu"
197                                %) /*gene*/
198
199                        gene                    %% (%
200                                name                    "tRNA_TRNAHis"
201                                type                    "tRNA"
202                                pos_start               "4819"
203                                pos_stop                "4882"
204                                pos_complement          "1"
205                                pos_certain             "=="
206                                product                 "tRNA-His"
207                                %) /*gene*/
208
209                        gene                    %% (%
210                                name                    "tRNA_TRNAPhe"
211                                type                    "tRNA"
212                                pos_start               "4883"
213                                pos_stop                "4946"
214                                pos_complement          "1"
215                                pos_certain             "=="
216                                product                 "tRNA-Phe"
217                                %) /*gene*/
218
219                        gene                    %% (%
220                                name                    "CDS_NADH5_NADHDehydrogenaseSub"
221                                type                    "CDS"
222                                pos_start               "4949"
223                                pos_stop                "6676"
224                                pos_complement          "1"
225                                pos_certain             "=="
226                                codon_start             "1"
227                                gene                    "NADH5"
228                                note                    "TAA stop codon is completed by the addition of 3' Aresidues to the mRNA."
229                                product                 "NADH dehydrogenase subunit 5"
230                                protein_id              "BAN60014.1"
231                                transl_table            "5"
232                                ARB_translation_rm              %y 1
233                                %) /*gene*/
234
235                        gene                    %% (%
236                                name                    "CDS_NADH4_NADHDehydrogenaseSub"
237                                type                    "CDS"
238                                pos_start               "6711"
239                                pos_stop                "8047"
240                                pos_complement          "1"
241                                pos_certain             "=="
242                                codon_start             "1"
243                                gene                    "NADH4"
244                                note                    "TAA stop codon is completed by the addition of 3' Aresidues to the mRNA."
245                                product                 "NADH dehydrogenase subunit 4"
246                                protein_id              "BAN60015.1"
247                                transl_except           "(pos:6711..6712,aa:TERM)"
248                                transl_table            "5"
249                                ARB_translation_rm              %y 1
250                                %) /*gene*/
251
252                        gene                    %% (%
253                                name                    "CDS_NADH4L_NADHDehydrogenaseSu"
254                                type                    "CDS"
255                                pos_start               "8041"
256                                pos_stop                "8340"
257                                pos_complement          "1"
258                                pos_certain             "=="
259                                codon_start             "1"
260                                gene                    "NADH4L"
261                                product                 "NADH dehydrogenase subunit 4L"
262                                protein_id              "BAN60016.1"
263                                transl_table            "5"
264                                ARB_translation_rm              %y 1
265                                %) /*gene*/
266
267                        gene                    %% (%
268                                name                    "tRNA_TRNAThr"
269                                type                    "tRNA"
270                                pos_start               "8343"
271                                pos_stop                "8406"
272                                pos_complement          "0"
273                                pos_certain             "=="
274                                product                 "tRNA-Thr"
275                                %) /*gene*/
276
277                        gene                    %% (%
278                                name                    "tRNA_TRNAPro"
279                                type                    "tRNA"
280                                pos_start               "8407"
281                                pos_stop                "8469"
282                                pos_complement          "1"
283                                pos_certain             "=="
284                                product                 "tRNA-Pro"
285                                %) /*gene*/
286
287                        gene                    %% (%
288                                name                    "CDS_NADH6_NADHDehydrogenaseSub"
289                                type                    "CDS"
290                                pos_start               "8472"
291                                pos_stop                "8978"
292                                pos_complement          "0"
293                                pos_certain             "=="
294                                codon_start             "1"
295                                gene                    "NADH6"
296                                note                    "TAA stop codon is completed by the addition of 3' Aresidues to the mRNA."
297                                product                 "NADH dehydrogenase subunit 6"
298                                protein_id              "BAN60017.1"
299                                transl_table            "5"
300                                ARB_translation_rm              %y 1
301                                %) /*gene*/
302
303                        gene                    %% (%
304                                name                    "CDS_Cytb_CytochromeB"
305                                type                    "CDS"
306                                pos_start               "8978"
307                                pos_stop                "10112"
308                                pos_complement          "0"
309                                pos_certain             "=="
310                                codon_start             "1"
311                                gene                    "Cytb"
312                                note                    "TAA stop codon is completed by the addition of 3' Aresidues to the mRNA."
313                                product                 "cytochrome b"
314                                protein_id              "BAN60018.1"
315                                transl_except           "(pos:10112,aa:TERM)"
316                                transl_table            "5"
317                                ARB_translation_rm              %y 1
318                                %) /*gene*/
319
320                        gene                    %% (%
321                                name                    "tRNA_TRNASer_2"
322                                type                    "tRNA"
323                                pos_start               "10113"
324                                pos_stop                "10179"
325                                pos_complement          "0"
326                                pos_certain             "=="
327                                product                 "tRNA-Ser"
328                                %) /*gene*/
329
330                        gene                    %% (%
331                                name                    "CDS_NADH1_NADHDehydrogenaseSub"
332                                type                    "CDS"
333                                pos_start               "10194"
334                                pos_stop                "11159"
335                                pos_complement          "1"
336                                pos_certain             "=>"
337                                codon_start             "1"
338                                gene                    "NADH1"
339                                note                    "start codon not determined"
340                                product                 "NADH dehydrogenase subunit 1"
341                                protein_id              "BAN60019.1"
342                                transl_table            "5"
343                                ARB_translation_rm              %y 1
344                                %) /*gene*/
345
346                        gene                    %% (%
347                                name                    "rRNA_LargeSubunitRibosomalRNA"
348                                type                    "rRNA"
349                                pos_start               "11234"
350                                pos_stop                "12568"
351                                pos_complement          "1"
352                                pos_certain             "=="
353                                product                 "large subunit ribosomal RNA"
354                                %) /*gene*/
355
356                        gene                    %% (%
357                                name                    "tRNA_TRNAVal"
358                                type                    "tRNA"
359                                pos_start               "12543"
360                                pos_stop                "12615"
361                                pos_complement          "1"
362                                pos_certain             "=="
363                                product                 "tRNA-Val"
364                                %) /*gene*/
365
366                        gene                    %% (%
367                                name                    "rRNA_SmallSubunitRibosomalRNA"
368                                type                    "rRNA"
369                                pos_start               "12617"
370                                pos_stop                "13430"
371                                pos_complement          "1"
372                                pos_certain             "=="
373                                product                 "small subunit ribosomal RNA"
374                                %) /*gene*/
375
376                        gene                    %% (%
377                                name                    "tRNA_TRNAGln"
378                                type                    "tRNA"
379                                pos_start               "13997"
380                                pos_stop                "14068"
381                                pos_complement          "1"
382                                pos_certain             "=="
383                                product                 "tRNA-Gln"
384                                %) /*gene*/
385
386                        gene                    %% (%
387                                name                    "tRNA_TRNAMet"
388                                type                    "tRNA"
389                                pos_start               "14075"
390                                pos_stop                "14141"
391                                pos_complement          "0"
392                                pos_certain             "=="
393                                product                 "tRNA-Met"
394                                %) /*gene*/
395
396                        gene                    %% (%
397                                name                    "CDS_NADH2_NADHDehydrogenaseSub"
398                                type                    "CDS"
399                                pos_start               "14142"
400                                pos_stop                "15147"
401                                pos_complement          "0"
402                                pos_certain             "=="
403                                codon_start             "1"
404                                gene                    "NADH2"
405                                note                    "TAA stop codon is completed by the addition of 3' Aresidues to the mRNA."
406                                product                 "NADH dehydrogenase subunit 2"
407                                protein_id              "BAN60020.1"
408                                transl_except           "(pos:15147,aa:TERM)"
409                                transl_table            "5"
410                                ARB_translation_rm              %y 1
411                                %) /*gene*/
412
413                        gene                    %% (%
414                                name                    "tRNA_TRNATrp"
415                                type                    "tRNA"
416                                pos_start               "15148"
417                                pos_stop                "15214"
418                                pos_complement          "0"
419                                pos_certain             "=="
420                                product                 "tRNA-Trp"
421                                %) /*gene*/
422
423                        %) /*gene_data*/
424
425                ali_genom               %% (%
426                        data                    "atgcaacgatgattattttctacaaatcataaagatattggtactttatattttatatttggagcttgagctggcatagttggtacatcattaagattgattattcgagctgaacttgggcagcccggaactcttatcggaaatgaccaaatttataatgtagttgttacagcccacgcttttgttataatcttcttcatagttatacctattataattggaggatttggaaattgattaattcccttaatattaggagcccctgatatagcttttcctcgaataaataacataagattttgattattacctccttctttaacactactattaataagaggtatagtagaaagaggagtaggaactggatggactgtttaccctcctttagcagctgcaatcgctcacgctggagcctcggttgatatggggattttttctttacatttagctggagtttcctctattttgggagctgtaaattttataactaccgtaattaatatacgatccttcggtataagcctagaccaaatacctctttttgtttgagctgtgtttattacagctattttacttctactatctctgcctgttttagccggagcaatcaccatacttttaaccgatcgaaacttaaatacatctttttttgaccctgcaggaggaggagaccctgttttatatcaacatcttttttgattctttggacacccagaagtttatattcttatcctaccagcatttggtatagtttcacatattgttagtcaagaatccggtaaaaaagaatctttcgggacattgggaataatttatgctatattagcaattggaattttaggatttgtagtgtgagctcaccatatgttcactgtgggtatagatgtagacacacgagcttattttacctctgccactataattattgctgttcctacaggtattaaaatttttaggtggttaagaactcttcatggagctcaaatcaattacagtccatcattattatgggctcttgggtttattttatttaccgtaggaggattaactggagtagtattagcaaactcttctattgatattatcctacacgatacttactacgtagttgcccattttcactatgttttatcaataggagctgtgtttggtatttttgggggtattgctcattgatttcctctttttactggtctttctcttaaccctaaatgactaaaaattcacttttttattatatttattggagttaatattacttttttcccacaacattttttagggttaaacggtatgccgcgtcgttattcagactacccagatgcttttacaacatgaaatattgtatcctccatagggtctataatttcttttacagctgctttaggatttatattcattgtatgagaagctttaatctctaatcgtcctgtgttatttacccccttcctaccaacctctattgaatgagctcatgtgtatccccctgccgatcattcttacatggaaattcctttaattactaatttctaaaatggcagacagatgtataggatttaagctcctactaggaagtttaatcttcttttagaaacacgtttaatggcaacatgagcatatttaggatttcaagatggggcttctcctttaatagaacaattaattttctttcacgatcatattatattaattttaattataattattacatttgtagggtatataataatatctctaattataaactcacacatcaatcgatttatattagaaaaccaaacaattgagttaatttgaactgctcttcccgctgttattttagtatttattgctttaccttcccttcgacttttatatctattagatgaagtaaatagaccaactataactttaaaaacaatcggtcatcagtgatattgaaggtatgaatactcagactttttaaatgtagaatttgactcctacataactcctagaaatgaaataacaaattcatcttttcgacttcttgacgttgataatcgaactattgttccaataaacactcaaatccgagttatcattactgcagcggatgttatccactcgtgagccgtaccttcattgggtgtaaaagctgatgctattccggggcgacttaatcaatcaagattccttattactcggccgggacttttttttgggcagtgctctgaaatttgtggggccaatcatagcttcataccaattgtaattgaaagggtatctacggactccttcctaaattgaatttctttatcttattctgattcacccggtgactgaaagaaagtgcaggtcttttaaacctgctatagtattacgcctacttctggtggaagaggttagttaaattataaccttagtttgtcatactaaaataatcccctaaggatatctcttagtgcctcaaatagcccccttattgtgattatatttatttatattttttaatatttgtttactattatatttaactgttaattattttattaaaccatttgaaaaaattataactttaccaaataataaaactttaaaccaaaagccttgaaaattatagctaatcttttttcaatttttgaaccttcttcaagaatttttaatttttctattaactgagtatcaacatttttaggtttgatatttattccttatctttattgggcttctccttctcgatgatcttttttatgaagaaagattattttaactctacataaagaatttaaagctcttttaactccttcacacataggtgcctcaatgttatttatttctatatttagatttattttatttaataactttctaggattaataccttatgtatttacaagatctagtcatatagttataactatgtcattatctctacctttatggtttactttaatattatttggttgaataaatcacacacaacacatatttagacatttagttcctcaaggaacaccttctattttaataccctttatagtaattattgaaacaattaggaatgtcattcgtcctggaactcttgctattcgattggccgcgaatatgattgccggtcatttgcttttaactttattagggggtactggaccctcattagccttgtcaattttatcagtattaattttttgccaaatcctcttattaattttagaatctgctgttgcaattattcagtcatatgtatttgctgttttaagtaccctatacacaggagaaattaactaatgacatcatctcatagacaccatccttatcatttagtggatataagcccctgacctttaactgggtctattagagctataatactaacaactggccttgttaaatgatttcaccaatataacataaaccttcttatacttagacttatagcaactttattaactataattcaatggtgacgggatatcactcgagagggaacataccagggacttcacacatcaatagtagtaagaggcttacgttgaggtataattttatttattgtgtcagaaattctattctttttttcattcttctgagctttttttcatagaagattagcccctaatattgaaattggtatatattgacctcctttgggtattcaaccttttaatccctttcaaattccccttcttaatacaactatccttctctcatcaggagcaacagttacttgagcccatcattctattatagaatcaaatcactctcaggccctacaaagtttattattaactgttatcttagggatttatttcacttttttacaaggatttgaatatattgaagcttcatttactattgccgattctgtgtttgggtccactttctttgtagctactggatttcatggtcttcatgttctcattggaaccacttttttacttatttgtttaattcgcctttataattgccacttctcttctgaacaccacgttggatttgaggccgctgcttgatattgacactttgttgatgtagtttgattatttctttatattttcattgtactgatgaggtggttatttctttaatatattagtatatttgatttccaatcaaaaagtctagagtacctagaagaaataattatagtattattaattttatctttgattacattaactttatcctctcttgttatgttattagcttctattttatcaaaaaaaactattattgatcgcgaaaaaagatctccatatgagtgtgggtttgatcctaaaagatctgctcgtttaccattttctttacgattttttttaattgctgtaatttttttgatttttgatgttgaaattactttgcttctacctattgcttctattctaaattatactaatttattttcttatttgatcacaactatattatttctagtaatcttattattagggctttattacgaatggtctcaagaagctttagagtggtctaaataagtaagactatagtcaataaatgacgtgtgagttgcattcataaagagttctattgaaactagttttagttagaaagcgaaattattgcacttagtttcgacctaaattttggcttaggcctctaattattaataaaagccaaaacagaggcatatcactgttaatgatataattgaattattattcttattaagtaaagagatattaagtaaaatataaaagcttctaacttttaatataagcggttaaattccgtttatatctctaaatttttatagtgtaaagtaacacattacattttcactgtaaagctgaatttaattaattctaaaaacgattctctttaattttattattttacttaaagtaatactttacaactttagttccacaaactaacgtttttattaaactatttaaattatttacagataattttatctcttttgcatcttcagtgcaatattcttcataaattatataaatttttatataaaaacataaagaccaataacaactgaaacaaaaaatatttttat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427                        %) /*ali_genom*/
428
429                acc                     "AB735678;"
430                date                    "04-JUL-2013 (Rel. 117, Created)04-JUL-2013 (Rel. 117, Last updated, Version 1)"
431                description             "Chionoecetes japonicus pacificus mitochondrial DNA, complete genome,isolate: CJP-YT-2012."
432                full_name               "Chionoecetes japonicus pacificus"
433                keywd                   "."
434                org_id                  "AB735678; SV 1; circular; genomic DNA; STD; INV; 15341 BP."
435                organelle               "Mitochondrion"
436                tax                     "Eukaryota; Metazoa; Ecdysozoa; Arthropoda; Crustacea; Malacostraca;Eumalacostraca; Eucarida; Decapoda; Pleocyemata; Brachyura; Eubrachyura;Majoidea; Majidae; Chionoecetes."
437                author                  "[REF1] Yanagimoto T., Kobayashi T.; [REF2] Yanagimoto T., Kobayashi T.;"
438                journal                 "[REF1] Submitted (13-JUL-2012) to the INSDC.Contact:Takashi Yanagimoto National Research Institute of FisheriesScience; 2-12-4, Fukuura, Kanazawa-ku, Yokohama, Kanagawa 236-8648, Japan [REF2] Unpublished."
439                nuc_rp                  "[REF1] 1-15341"
440                title                   "[REF1] ; [REF2] \"Complete mitochondrial DNA sequence of the Red Queen Crab Chionoecetesjaponicus pacificus\";"
441                %) /*species*/
442
443        %) /*species_data*/
444
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.