source: tags/arb-6.0/lib/import/genbank_silva.ift

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  • new commands for import filters (WRITE_INT, WRITE_FLOAT)
  • Silva-Import-Filters write start, stop, insdc, version as ints
  • see ticket #44

thx to fog and elmar
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
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Line 
1#Modified by FOG, 17.05.2009#
2#type INT for start, stop and insdc added#
3#some changes to fields#
4
5AUTODETECT      "LOCUS       *\nORIGIN*"
6                #Global settings:
7KEYWIDTH        12
8FILETAG         GB
9
10BEGIN           "LOCUS*"
11
12MATCH           "LOCUS *"
13                SRT "* *=*1"
14                WRITE "name"
15
16MATCH           "LOCUS *"
17                SRT "* *=*1"
18                WRITE "id"
19
20MATCH           "ACCESSION *"
21                ACI "extract_words("0123456789",4.0)"
22                WRITE "acc"
23
24MATCH           "PROJECT"
25                WRITE_INT "insdc"
26
27MATCH           "LOCUS *"
28                SRT "     = :    = :   = :  = :* * * * * * *=*7"
29                WRITE "date"
30
31MATCH           "DEFINITION"
32                TAG             "GB"
33                WRITE "description"
34
35MATCH           "  ORGANISM *"
36                SRT             "* * *=*1 *2:*|*=*1"
37                WRITE           "full_name"
38
39MATCH           "  ORGANISM *"
40                SRT             "*|*=*2"
41                TAG    "GB"
42                WRITE           "tax_embl"
43
44MATCH           "  ORGANISM *"
45                SRT             "* * *=*1 *2:*|*=*1"
46                TAG   "GB"
47                WRITE           "tax_embl_name"
48
49MATCH           "REFERENCE *(bases*"
50                SRT             "*(*=*2:bases=:to=-: =:)="
51                APPEND          "nuc_rp"
52
53MATCH           "   PUBMED *"
54                APPEND          "pubmed_id"
55               
56MATCH           "  AUTHORS *"
57                APPEND "author"
58
59MATCH           "  TITLE *"
60                APPEND          "title"
61
62MATCH           "  JOURNAL *"
63                APPEND          "journal"
64
65MATCH           "  JOURNAL *Submitted*"
66                SRT "*Submitted*=*2:\(*\)*=*1"
67                WRITE           "submit_date"
68
69MATCH           "     source*"
70                SRT "*source*=*2: =:*|*=*1"
71                WRITE           "nuc_region"
72
73MATCH           "*/clone*"
74                SRT "*clone*=*2:\"=:\==:*|*=*1"
75                APPEND          "clone"
76
77MATCH           "*/db_xref="taxon*"
78                SRT "*db_xref*=*2:*\:*=*2:\"=:\==:*|*=*1"
79                TAG   "GB"
80                APPEND          "tax_xref_embl"
81
82MATCH           "*/isolate=*"
83                SRT "*isolate*=*2:\"=:\==:*|*=*1"
84                APPEND          "isolate"
85
86MATCH           "*/strain*"
87                SRT             "*/strain*=*2:\"=:\==:*|*=*1"
88                APPEND          "strain"
89
90MATCH           "*/isolation_source*"
91                SRT             "*/isolation_source*=*2:\"=:\==:*|*=*1"
92                APPEND          "isolation_source"
93
94MATCH           "*/country*"
95                SRT             "*/country*=*2:\"=:\==:*|*=*1"
96                APPEND          "country"
97
98MATCH           "*/lat_lon*"
99                SRT             "*/lat_lon*=*2:\"=:\==:*|*=*1"
100                APPEND          "lat_lon"
101
102MATCH           "*/specimen_voucher*"
103                SRT             "*/specimen_voucher*=*2:\"=:\==:*|*=*1"
104                APPEND          "specimen_voucher"
105
106MATCH           "*/specific_host*"
107                SRT             "*/specific_host*=*2:\"=:\==:*|*=*1"
108                APPEND          "specific_host"
109
110MATCH           "*/collected_by*"
111                SRT             "*/collected_by*=*2:\"=:\==:*|*=*1"
112                APPEND          "collected_by"
113
114MATCH           "*/collection_date*"
115                SRT             "*/collection_date*=*2:\"=:\==:*|*=*1"
116                APPEND          "collection_date"
117
118MATCH           "     rRNA*"
119                SRT             "*..*=*1:<=:>="
120                WRITE_INT       "start"
121
122MATCH           "     rRNA *"
123                SRT             "*..*=*2:<=:>=:*|*=*1"
124                WRITE_INT       "stop"
125
126MATCH           "     rRNA*/gene*"
127                SRT             "*gene*=*2:\==:"=:*|*=*1"
128                APPEND          "gene"
129
130MATCH           "     rRNA*/product*"
131                SRT             "*product*=*2:\==:"=:*|*=*1"
132                APPEND          "product"
133
134SEQUENCEAFTER   "ORIGIN*"
135SEQUENCESRT     " =:~=.:*Check*..="
136SEQUENCEACI     "remove("0123456789 /")"
137SEQUENCECOLUMN  0
138SEQUENCEEND     "//"
139CREATE_ACC_FROM_SEQUENCE
140
141END             "//"
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.