source: tags/ms_r16q2/ARB_GDE/GDE_HGLfile.cxx

Last change on this file was 12833, checked in by westram, 8 years ago
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 6.8 KB
Line 
1#include "GDE_extglob.h"
2
3static void StripSpecial(char *string) {
4    int j, len;
5
6    len = strlen(string);
7    for (j=0; j<len; j++)
8    {
9        if (string[j] == '"')
10            string[j] = '`';
11        else if (string[j] == '{')
12            string[j] = '(';
13        else if (string[j] == '}')
14            string[j] = ')';
15    }
16}
17
18static void RemoveQuotes(char *string)
19{
20    int i, j, len;
21
22    len = strlen(string);
23    for (j=0; j<len; j++) {
24        if (string[j] == '"') string[j] = ' ';
25    }
26
27    for (j=0; string[j]==' ' && j<(int)strlen(string); j++) ;
28
29    len = strlen(string);
30    for (i=0; i<len - j; i++) string[i] = string[i+j];
31
32    for (j=strlen(string)-1; j>=0 && (string[j]=='\n'||string[j]==' '); j--) {
33        string[j] = '\0';
34    }
35
36}
37
38int WriteGDE(NA_Alignment& aln, char *filename, int method) {
39    FILE *file = fopen(filename, "w");
40    if (file == NULL)
41    {
42        Warning("Cannot open file for output");
43        return (1);
44    }
45
46    for (size_t j=0; j<aln.numelements; j++)
47    {
48        if (method == ALL)
49        {
50            NA_Sequence *this_elem = &(aln.element[j]);
51            // @@@ code below should be in method of NA_Sequence (far too many 'this_elem->')
52            fprintf(file, "{\n");
53            if (this_elem->short_name[0])
54                fprintf(file, "name      \"%s\"\n", this_elem->short_name);
55            switch (this_elem->elementtype)
56            {
57                case DNA:
58                    fprintf(file, "type              \"DNA\"\n");
59                    break;
60                case RNA:
61                    fprintf(file, "type              \"RNA\"\n");
62                    break;
63                case PROTEIN:
64                    fprintf(file, "type              \"PROTEIN\"\n");
65                    break;
66                case MASK:
67                    fprintf(file, "type              \"MASK\"\n");
68                    break;
69                case TEXT:
70                    fprintf(file, "type              \"TEXT\"\n");
71                    break;
72            }
73            if (this_elem->seq_name[0])
74                fprintf(file, "longname  %s\n", this_elem->seq_name);
75
76            if (this_elem->id[0])
77                fprintf(file, "sequence-ID       \"%s\"\n", this_elem->id);
78            RemoveQuotes(this_elem->barcode);
79            RemoveQuotes(this_elem->contig);
80
81            if (this_elem->barcode[0])
82                fprintf(file, "barcode           \"%s\"\n", this_elem->barcode);
83            if (this_elem->membrane[0])
84                fprintf(file, "membrane          \"%s\"\n", this_elem->membrane);
85            if (this_elem->contig[0])
86                fprintf(file, "contig            \"%s\"\n", this_elem->contig);
87            if (this_elem->description[0])
88                fprintf(file, "descrip           \"%s\"\n", this_elem->description);
89            if (this_elem->authority[0])
90                fprintf(file, "creator           \"%s\"\n", this_elem->authority);
91            if (this_elem->groupid)
92                fprintf(file, "group-ID          %zu\n", this_elem->groupid);
93            if (this_elem->offset+aln.rel_offset)
94                fprintf(file, "offset            %d\n", this_elem->offset+aln.rel_offset);
95
96            if (this_elem->t_stamp.origin.mm != 0)
97                fprintf(file,
98                        "creation-date      %2d/%2d/%2d %2d:%2d:%2d\n",
99                        this_elem->t_stamp.origin.mm,
100                        this_elem->t_stamp.origin.dd,
101                        (this_elem->t_stamp.origin.yy)>1900 ?
102                        (this_elem->t_stamp.origin.yy-1900) :
103                        (this_elem->t_stamp.origin.yy),
104                        this_elem->t_stamp.origin.hr,
105                        this_elem->t_stamp.origin.mn,
106                        this_elem->t_stamp.origin.sc);
107            if ((this_elem->attr & IS_ORIG_5_TO_3) &&
108               ((this_elem->attr & IS_ORIG_3_TO_5) == 0))
109                fprintf(file, "orig_direction    1\n");
110
111            if ((this_elem->attr & IS_CIRCULAR))
112                fprintf(file, "circular  1\n");
113
114            if ((this_elem->attr & IS_5_TO_3) &&
115               ((this_elem->attr & IS_3_TO_5) == 0))
116                fprintf(file, "direction 1\n");
117
118            if ((this_elem->attr & IS_ORIG_3_TO_5) &&
119               ((this_elem->attr & IS_ORIG_5_TO_3) == 0))
120                fprintf(file, "orig_direction    -1\n");
121
122            if ((this_elem->attr & IS_3_TO_5) &&
123               ((this_elem->attr & IS_5_TO_3) == 0))
124                fprintf(file, "direction -1\n");
125
126            if ((this_elem->attr & IS_ORIG_PRIMARY) &&
127               ((this_elem->attr & IS_ORIG_SECONDARY) == 0))
128                fprintf(file, "orig_strand       1\n");
129
130            if ((this_elem->attr & IS_PRIMARY) &&
131               ((this_elem->attr & IS_SECONDARY) == 0))
132                fprintf(file, "strandedness      1\n");
133
134            if (((this_elem->attr & IS_ORIG_PRIMARY) == 0) &&
135               (this_elem->attr & IS_ORIG_SECONDARY))
136                fprintf(file, "orig_strand       2\n");
137
138            if (((this_elem->attr & IS_PRIMARY) == 0) &&
139               (this_elem->attr & IS_SECONDARY))
140                fprintf(file, "strandedness      2\n");
141
142            if (this_elem->comments != NULL)
143            {
144                StripSpecial(this_elem->comments);
145                fprintf(file, "comments  \"%s\"\n", this_elem->comments);
146            }
147            if (this_elem->baggage != NULL)
148            {
149                if (this_elem->
150                   baggage[strlen(this_elem->baggage)-1] == '\n')
151                    fprintf(file, "%s", this_elem->baggage);
152                else
153                    fprintf(file, "%s\n", this_elem->baggage);
154            }
155            fprintf(file, "sequence  \"");
156            if (this_elem->tmatrix)
157            {
158                for (int k=this_elem->offset; k<this_elem->seqlen+this_elem->offset; k++)
159                {
160                    if (k%60 == 0) putc('\n', file);
161                    putc(this_elem->tmatrix[getelem(this_elem, k)], file);
162                }
163                fprintf(file, "\"\n");
164            }
165            else
166            {
167                for (int k=this_elem->offset; k<this_elem->seqlen+this_elem->offset; k++)
168                {
169                    if (k%60 == 0)
170                        putc('\n', file);
171                    putc(getelem(this_elem, k), file);
172                }
173                fprintf(file, "\"\n");
174            }
175            fprintf(file, "}\n");
176        }
177    }
178    fclose(file);
179    return (0);
180}
181
182/* ALWAYS COPY the result from uniqueID() to a char[32],
183 * (strlen(hostname)+1+10).  Memory is lost when the function
184 * is finished.
185 */
186
187char *uniqueID()
188{
189    static char vname[32];
190    time_t *tp;
191    static int cnt = 0;
192
193    tp = (time_t *)Calloc(1, sizeof(time_t));
194
195    time(tp);
196    sprintf(vname, "host:%d:%ld", cnt, *tp);
197    cnt++;
198    Cfree((char*)tp);
199    return (vname);
200}
201
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.