| 1 | // =============================================================== // |
|---|
| 2 | // // |
|---|
| 3 | // File : AP_pos_var_pars.h // |
|---|
| 4 | // Purpose : // |
|---|
| 5 | // // |
|---|
| 6 | // Institute of Microbiology (Technical University Munich) // |
|---|
| 7 | // http://www.arb-home.de/ // |
|---|
| 8 | // // |
|---|
| 9 | // =============================================================== // |
|---|
| 10 | |
|---|
| 11 | #ifndef AP_POS_VAR_PARS_H |
|---|
| 12 | #define AP_POS_VAR_PARS_H |
|---|
| 13 | |
|---|
| 14 | #ifndef ARBDB_BASE_H |
|---|
| 15 | #include <arbdb_base.h> |
|---|
| 16 | #endif |
|---|
| 17 | #ifndef ARBTOOLS_H |
|---|
| 18 | #include <arbtools.h> |
|---|
| 19 | #endif |
|---|
| 20 | #ifndef NT_LOCAL_PROTO_H |
|---|
| 21 | #include "NT_local_proto.h" |
|---|
| 22 | #endif |
|---|
| 23 | |
|---|
| 24 | class AW_window; |
|---|
| 25 | class AW_root; |
|---|
| 26 | |
|---|
| 27 | #define AWAR_PVP_SAI "tmp/pos_var_pars/sai" |
|---|
| 28 | #define AWAR_PVP_TREE "tmp/pos_var_pars/tree" |
|---|
| 29 | |
|---|
| 30 | class arb_progress; |
|---|
| 31 | |
|---|
| 32 | class AP_pos_var : virtual Noncopyable { |
|---|
| 33 | GBDATA *gb_main; |
|---|
| 34 | long treesize; // max value for slider |
|---|
| 35 | arb_progress *progress; |
|---|
| 36 | GB_UINT4 *frequencies[256]; // count every occurrence |
|---|
| 37 | GB_UINT4 *transitions; // minimum transitions |
|---|
| 38 | GB_UINT4 *transversions; // minimum transversions (dna only) |
|---|
| 39 | unsigned char char_2_freq[256]; // mapper (~ toupper) |
|---|
| 40 | long char_2_transition[256]; // a->1 c->2 g->4 ... |
|---|
| 41 | long char_2_transversion[256]; // y->1 r->2 |
|---|
| 42 | |
|---|
| 43 | long getsize(TreeNode *tree); // size of tree |
|---|
| 44 | long ali_len; // max len of alignment |
|---|
| 45 | long is_dna; |
|---|
| 46 | char *ali_name; |
|---|
| 47 | char *tree_name; |
|---|
| 48 | |
|---|
| 49 | const char *parsimony(TreeNode *tree, GB_UINT4 *bases = 0, GB_UINT4 *ltbases = 0); |
|---|
| 50 | |
|---|
| 51 | public: |
|---|
| 52 | |
|---|
| 53 | AP_pos_var(GBDATA *gb_main, char *ali_name, long ali_len, int isdna, char *tree_name); |
|---|
| 54 | ~AP_pos_var(); |
|---|
| 55 | |
|---|
| 56 | GB_ERROR retrieve(TreeNode *tree); |
|---|
| 57 | GB_ERROR delete_old_sai(const char *sai_name); |
|---|
| 58 | GB_ERROR save_sai(const char *sai_name); |
|---|
| 59 | }; |
|---|
| 60 | |
|---|
| 61 | #else |
|---|
| 62 | #error AP_pos_var_pars.h included twice |
|---|
| 63 | #endif // AP_POS_VAR_PARS_H |
|---|
