source: trunk/EDIT4/ED4_naligner.cxx

Last change on this file was 19339, checked in by westram, 2 years ago
  • reintegrates 'refactor' into 'trunk'
    • eliminates old interface of GBS_strstruct
    • add a few new unittests (editor-config string + some PT-SERVER-functions)
  • adds: log:branches/refactor@19300:19338
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 9.9 KB
Line 
1// =============================================================== //
2//                                                                 //
3//   File      : ED4_naligner.cxx                                  //
4//   Purpose   :                                                   //
5//                                                                 //
6//   Institute of Microbiology (Technical University Munich)       //
7//   http://www.arb-home.de/                                       //
8//                                                                 //
9// =============================================================== //
10
11#include "ed4_naligner.hxx"
12
13#include <aw_window.hxx>
14#include <aw_awars.hxx>
15#include <aw_root.hxx>
16#include <awt_sel_boxes.hxx>
17#include <arbdbt.h>
18#include <arb_strbuf.h>
19
20#include <iostream>
21
22static void aed_start_naligning(AW_window *aw, GBDATA *gb_main) {
23    AW_root *root = aw->get_root();
24    int      i, j;
25
26    // @@@ use GB_xcmd (do not fiddle with LD_LIBRARY_PATH here)
27    GBS_strstruct cmd(1000);
28    cmd.cat("xterm -sl 1000 -sb -e sh -c 'LD_LIBRARY_PATH=\"");
29    cmd.cat(GB_getenv("LD_LIBRARY_PATH"));
30    cmd.cat("\";export LD_LIBRARY_PATH;for i in ");
31    if (root->awar("naligner/what")->read_int()) {
32        GB_transaction  ta(gb_main);
33
34        for (GBDATA *gb_species = GBT_first_marked_species(gb_main);
35             gb_species;
36             gb_species = GBT_next_marked_species(gb_species))
37        {
38            cmd.put('\"');
39            cmd.cat(GBT_get_name_or_description(gb_species));
40            cmd.cat("\" ");
41        }
42    }
43    else {
44        const char *species_name = root->awar(AWAR_SPECIES_NAME)->read_char_pntr();
45        cmd.put('\"');
46        cmd.cat(species_name);
47        cmd.cat("\" ");
48    }
49
50
51    cmd.cat("; do arb_naligner");
52
53
54    if (root->awar("naligner/against")->read_int()) {
55        cmd.cat(" -PARB_PT_SERVER");
56        cmd.putlong(root->awar("naligner/pt_server")->read_int());
57    }
58    else {
59        const char *family = root->awar("naligner/sagainst")->read_char_pntr();
60        cmd.cat(" \"-f");
61        cmd.cat(family);
62        cmd.put('\"');
63    }
64    cmd.cat(" \"-s$i\" ");
65
66    if (root->awar("naligner/mark_profile")->read_int()) cmd.cat(" -mf");
67    if (root->awar("naligner/unmark_sequence")->read_int()) cmd.cat(" -us");
68
69    cmd.cat(" -minf");  cmd.putlong (root->awar("naligner/minf")->read_int());
70    cmd.cat(" -maxf");  cmd.putlong (root->awar("naligner/maxf")->read_int());
71    cmd.cat(" -minw");  cmd.putfloat(root->awar("naligner/minw")->read_float());
72    cmd.cat(" -maxew"); cmd.putfloat(root->awar("naligner/maxew")->read_float());
73    cmd.cat(" -ib");    cmd.putlong (root->awar("naligner/det/ib")->read_int());
74    cmd.cat(" -ic");    cmd.putlong (root->awar("naligner/det/ic")->read_int());
75    cmd.cat(" -cl");    cmd.putfloat(root->awar("naligner/det/cl")->read_float());
76
77    cmd.cat(" -cm");    cmd.putfloat(root->awar("naligner/det/cm")->read_float());
78    cmd.cat(" -ch");    cmd.putfloat(root->awar("naligner/det/ch")->read_float());
79    cmd.cat(" -mgf");   cmd.putfloat(root->awar("naligner/igap_panelty")->read_float());
80    cmd.cat(" -mma1");
81    cmd.cat(" -msub");
82
83    for (i=0; i<5; i++) {
84        for (j=0; j<5; j++) {
85            if (i==4 || j==4) {                 // gap panelty
86                if (i==4 && j==4) {
87                    cmd.putfloat(0.0);
88                }
89                else {
90                    cmd.putfloat(root->awar("naligner/gap_panelty")->read_float());
91                    cmd.put(',');
92                }
93            }
94            else {
95                char var[100];
96                if (i<j) sprintf(var, "naligner/%c%c", "acgt-"[i], "acgt-"[j]);
97                else     sprintf(var, "naligner/%c%c", "acgt-"[j], "acgt-"[i]);
98                cmd.putfloat(root->awar(var)->read_float());
99                if (i<4 || j<4) cmd.put(',');
100            }
101        }
102    }
103    cmd.cat(" || echo \"Aligner failed\";done;");
104    cmd.cat("echo press \"(return)\" to close window;read a' &");
105
106    GB_ERROR error = GBK_system(cmd.get_data());
107    if (error) fputs(error, stderr);
108}
109
110
111void create_naligner_variables(AW_root *root, AW_default db1) {
112    root->awar_int("naligner/what", 0, db1);
113
114    root->awar_int   ("naligner/against",   0,  db1);
115    root->awar_string("naligner/sagainst",  "", db1);
116    root->awar_int   ("naligner/pt_server", -1, db1);
117
118    root->awar_int("naligner/mark_profile",    1, db1);
119    root->awar_int("naligner/unmark_sequence", 0, db1);
120
121    root->awar_float("naligner/aa",           0.0, db1);
122    root->awar_float("naligner/ac",           3.0, db1);
123    root->awar_float("naligner/ag",           1.0, db1);
124    root->awar_float("naligner/at",           3.0, db1);
125    root->awar_float("naligner/cc",           0.0, db1);
126    root->awar_float("naligner/cg",           3.0, db1);
127    root->awar_float("naligner/ct",           1.0, db1);
128    root->awar_float("naligner/gg",           0.0, db1);
129    root->awar_float("naligner/gt",           3.0, db1);
130    root->awar_float("naligner/tt",           0.0, db1);
131    root->awar_float("naligner/gap_panelty",  5.0, db1);
132    root->awar_float("naligner/igap_panelty", 0.2, db1);
133    root->awar_int  ("naligner/minf",         3,   db1);
134    root->awar_int  ("naligner/maxf",         30,  db1);
135
136    root->awar_float("naligner/minw",  .7, db1);
137    root->awar_float("naligner/maxew", .2, db1);
138
139    root->awar_float("naligner/det/cl", .25, db1);
140    root->awar_float("naligner/det/cm", .5,  db1);
141    root->awar_float("naligner/det/ch", .8,  db1);
142    root->awar_int  ("naligner/det/ib", 5,   db1);
143    root->awar_int  ("naligner/det/ic", 5,   db1);
144}
145
146static AW_window *create_expert_naligner_window(AW_root *root) {
147    const       int     mwidth = 5;
148    AW_window_simple *aws = new AW_window_simple;
149    aws->init(root, "ALIGNER_V2_EXPERT2", "ALIGNER V2.0 EXPERT 2");
150    aws->load_xfig("ed_al_ex.fig");
151
152    aws->at("close");
153    aws->callback(AW_POPDOWN);
154    aws->create_button("CLOSE", "CLOSE", "C");
155
156    aws->at("minw"); aws->create_input_field("naligner/minw", mwidth);
157    aws->at("maxew"); aws->create_input_field("naligner/maxew", mwidth);
158
159    aws->at("ib"); aws->create_input_field("naligner/det/ib", mwidth);
160    aws->at("ic"); aws->create_input_field("naligner/det/ic", mwidth);
161    aws->at("cl"); aws->create_input_field("naligner/det/cl", mwidth);
162    aws->at("cm"); aws->create_input_field("naligner/det/cm", mwidth);
163    aws->at("ch"); aws->create_input_field("naligner/det/ch", mwidth);
164
165    return aws;
166}
167
168static AW_window *create_special_naligner_window(AW_root *root) {
169    AW_window_simple *aws    = new AW_window_simple;
170    const       int   mwidth = 3;
171
172    aws->init(root, "ALIGNER_V2_EXPERT", "ALIGNER V2.0 EXPERT");
173    aws->load_xfig("ed_al_sp.fig");
174
175    aws->label_length(22);
176
177    aws->at("close");
178    aws->callback(AW_POPDOWN);
179    aws->create_button("CLOSE", "CLOSE", "C");
180
181    aws->at("minr"); aws->create_input_field("naligner/minf", 6);
182    aws->at("maxr"); aws->create_input_field("naligner/maxf", 6);
183
184    aws->at("aa"); aws->create_input_field("naligner/aa", mwidth);
185    aws->at("ac"); aws->create_input_field("naligner/ac", mwidth);
186    aws->at("ag"); aws->create_input_field("naligner/ag", mwidth);
187    aws->at("at"); aws->create_input_field("naligner/at", mwidth);
188
189    aws->at("ca"); aws->create_input_field("naligner/ac", mwidth);
190    aws->at("cc"); aws->create_input_field("naligner/cc", mwidth);
191    aws->at("cg"); aws->create_input_field("naligner/cg", mwidth);
192    aws->at("ct"); aws->create_input_field("naligner/ct", mwidth);
193
194    aws->at("ga"); aws->create_input_field("naligner/ag", mwidth);
195    aws->at("gc"); aws->create_input_field("naligner/cg", mwidth);
196    aws->at("gg"); aws->create_input_field("naligner/gg", mwidth);
197    aws->at("gt"); aws->create_input_field("naligner/gt", mwidth);
198
199    aws->at("ta"); aws->create_input_field("naligner/at", mwidth);
200    aws->at("tc"); aws->create_input_field("naligner/ct", mwidth);
201    aws->at("tg"); aws->create_input_field("naligner/gt", mwidth);
202    aws->at("tt"); aws->create_input_field("naligner/tt", mwidth);
203
204    aws->at("gap");  aws->create_input_field("naligner/gap_panelty",  4);
205    aws->at("igap"); aws->create_input_field("naligner/igap_panelty", 4);
206
207    aws->at("expert");
208    aws->callback(create_expert_naligner_window);
209    aws->create_button("EXPERT_OPTIONS", "EXPERT2", "E");
210
211    return aws;
212}
213
214AW_window *create_naligner_window(AW_root *root, GBDATA *gb_main) {
215    AW_window_simple *aws = new AW_window_simple;
216    aws->init(root, "ALIGNER_V2", "ALIGNER V2.0");
217    aws->load_xfig("awt/align.fig");
218
219    aws->label_length(10);
220    aws->button_length(10);
221
222    aws->at("close");
223    aws->callback(AW_POPDOWN);
224    aws->create_button("CLOSE", "CLOSE", "O");
225
226    aws->at("help");
227    aws->callback(makeHelpCallback("ne_align_seq.hlp"));
228    aws->create_button("HELP", "HELP");
229
230    aws->at("align");
231    aws->callback(makeWindowCallback(aed_start_naligning, gb_main));
232    aws->highlight();
233    aws->create_button("GO", "GO", "G");
234
235    aws->at("expert");
236    aws->callback(create_special_naligner_window);
237    aws->create_button("OPTIONS", "PARAMETERS", "E");
238
239    aws->at("what");
240    aws->create_toggle_field("naligner/what", "Align");
241    aws->insert_toggle("Selected Species:", "S", 0);
242    aws->insert_default_toggle("Marked Species", "M", 1);
243    aws->update_toggle_field();
244
245    aws->at("swhat");
246    aws->create_input_field(AWAR_SPECIES_NAME, 2);
247
248    aws->at("against");
249    aws->create_toggle_field("naligner/against", "Reference");
250    aws->insert_toggle("Species by name", "S", 0);
251    aws->insert_default_toggle("Auto search by pt_server", "S", 1);
252    aws->update_toggle_field();
253
254    aws->at("sagainst");
255    aws->create_input_field("naligner/sagainst", 2);
256
257    aws->label_length(25);
258
259    aws->at("pt_server");
260    aws->label("PT_SERVER:");
261    awt_create_PTSERVER_selection_button(aws, "naligner/pt_server");
262
263    aws->at("mark");
264    aws->label_length(40);
265    aws->label("Mark sequences found by the pt_server");
266    aws->create_toggle("naligner/mark_profile");
267
268    return aws;
269}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.