ptserver crash with SILVA 119 SSU Parc

[cquast]

ich habe versucht 'nen PT Server fuer den neuen SILVA 119 SSU Parc zu erstellen (4.3 Millionen Sequenzen, 2.2 GB ARB Datei ohne die ganzen Metadatenfelder).

Ich habe eine PT Server Datei und die Konsole sagt 'PT_SERVER database … has been created.' Scheint also alles durch gelaufen zu sein. Ich habe allerdings jede Menge 'Warning: max_diff > 0xffffffff is not tested.' Meldungen bekommen kurz bevor die Berechnung fertig war (direkt vor '.. [100.0%]', muessen mehr als zehn tausend Zeilen gewesen seien - Groesse meiner Shell History).

Ausserdem habe ich beim Beenden eine Segfault bekommen, weil ich die Log-Datei nicht schreiben durfte.

Failed to write to '/home/slvjbmgr/main_binaries/lib/pts/ptserver.log'
arb_message: symbol lookup error:
/home/slvjbmgr/main_binaries/lib/libARBDB.so: undefined symbol:
_Z20GB_string_comparatorPKvS0_Pv
Failed to run 'arb_message 'PT_SERVER database "SILVA_119_SSUParc-
no_fields_t_opt.arb" has been created.''

-------------------- ARB-backtrace 'received signal 11':
/home/slvjbmgr/main_binaries/lib/libCORE.so(GBK_dump_backtrace(_IO_FILE*, char
const*)+0x34)[0x7f0ce5aa1034]
/home/slvjbmgr/main_binaries/lib/libCORE.so(sigsegv_handler(int)+0x7e)
[0x7f0ce5aa353e]
/lib/libc.so.6(+0x33af0)[0x7f0ce4f9baf0]
/lib/libc.so.6(cfree+0x1d)[0x7f0ce4fe607d]
/home/slvjbmgr/main_binaries/bin/arb_pt_server(PT_exit_psg()+0x59)[0x413969]
/home/slvjbmgr/main_binaries/bin/arb_pt_server(PT_exit(int)+0x35)[0x413ad5]
/home/slvjbmgr/main_binaries/bin/arb_pt_server(main+0x150)[0x414f90]
/lib/libc.so.6(__libc_start_main+0xfd)[0x7f0ce4f86c4d]
/home/slvjbmgr/main_binaries/bin/arb_pt_server[0x40b329]
-------------------- End of backtrace
[Terminating with signal 11]

Ich bin mir nicht ganz sicher welche ARB Version das ist, […]

[epruesse]

Irgendwas ist mit der Installation kaputt. "arb_message" fehlen Symbole, d.h. die Dateien passen nicht zusammen. Kannst Du mal mit der aktuellen Version testen? Einfach "arb shell" eingeben, und dann "arb_pt_server…".

[fog]

Hi, habe gerade den PT-server auf skylla (400 GB Ram) mit der aktuell am MPI installierten ARB version 6.1 rev 12570 getestet und bekomme die gleichen Meldungen: 'Warning: max_diff > 0xffffffff Durchlaufen tut er und zu funktionieren scheint er auch.

Grüße

Frank Oliver

[epruesse]

Replying to fog:

Hi, habe gerade den PT-server auf skylla (400 GB Ram) mit der aktuell am MPI installierten ARB version 6.1 rev 12570 getestet und bekomme die gleichen Meldungen: 'Warning: max_diff > 0xffffffff Durchlaufen tut er und zu funktionieren scheint er auch.

Die Meldung duerfte Kai damals eingebaut haben, weil er mangels Daten keine wirkliche Möglichkeit hatte, die Ergebnisse zu verifizieren.

[westram]

Replying to epruesse:

Die Meldung duerfte Kai damals eingebaut haben, weil er mangels Daten keine wirkliche Möglichkeit hatte, die Ergebnisse zu verifizieren.

Eher Joerg Aber die Begruendung stimmt.