Fast Aligner crashes when sequences contain T instead of U

[fog]

As soon as Ts are replaced by U it works again. Version:5866

[fog]

Nachtrag: Bei einer einzelnen Sequenz hat es gerade trotz Ts funktioniert, jedoch wurden nur Teile der Sequenz aligniert (die Enden wurden nicht aligniert). Nach Umwandlung in Us hats geklappt.

[westram]

• works for me with 5866 DEBUG/NDEBUG 32/64bit
• please provide example.arb together with ~/.arb_prop/edit4.arb and name of one sequence where it happens

[fog]

Hi Ralf, works not for me . Habe es grad nochmal getestet - 25 Sequenzen importiert. Mit Dez 2007 Version aligniert - bestens. Gleiches File, gleiche Sequenzen mit CVS Version (64 bit) versucht zu alignieren - er tut als ob, aber es passiert nix (außer dass am Ende der Editor abstürzt, was aber nichts ungewöhnliches ist). Manchmal demarkiert er auch einen Teil der Sequenzen - warum ist unklar. Ich habe Dir das ARB file mit den 25 markierten Sequenzen und meinen arb_prob auf den FTP server gelegt ​ftp://ftp.mpi-bremen.de/molecol_p/silva/ Die Sequenzen sind auch in Remark mit ralf markiert. Viel Spaß

Frank Oliver

[westram]

Hi Frank-Oliver,

did the following:

• built new PT-Server from your database (w/o the 25 species)
• reloaded and aligned the 25 sequences vs. next relatives
• still no crash, but memory debugging showed some illegal access
• fixed in with [5904]

Please test again using this revision.