Opened 15 years ago
Closed 15 years ago
#163 closed defect (fixed)
Fast Aligner crashes when sequences contain T instead of U
Reported by: | fog | Owned by: | westram |
---|---|---|---|
Priority: | critical | Milestone: | |
Component: | ARB_EDIT4 | Version: | SVN |
Keywords: | Cc: | epruesse@… |
Description
As soon as Ts are replaced by U it works again. Version:5866
Change History (5)
comment:1 Changed 15 years ago by westram
- Owner changed from devel to westram
- Status changed from new to assigned
comment:2 Changed 15 years ago by fog
comment:3 Changed 15 years ago by westram
- Resolution set to worksforme
- Status changed from assigned to closed
- works for me with 5866 DEBUG/NDEBUG 32/64bit
- please provide example.arb together with ~/.arb_prop/edit4.arb and name of one sequence where it happens
comment:4 Changed 15 years ago by fog
- Resolution worksforme deleted
- Status changed from closed to reopened
Hi Ralf, works not for me .
Habe es grad nochmal getestet - 25 Sequenzen importiert.
Mit Dez 2007 Version aligniert - bestens. Gleiches File, gleiche Sequenzen mit CVS Version (64 bit) versucht zu alignieren - er tut als ob, aber es passiert nix (außer dass am Ende der Editor abstürzt, was aber nichts ungewöhnliches ist). Manchmal demarkiert er auch einen Teil der Sequenzen - warum ist unklar.
Ich habe Dir das ARB file mit den 25 markierten Sequenzen und meinen arb_prob auf den FTP server gelegt ftp://ftp.mpi-bremen.de/molecol_p/silva/
Die Sequenzen sind auch in Remark mit ralf markiert.
Viel Spaß
Frank Oliver
comment:5 Changed 15 years ago by westram
- Resolution set to fixed
- Status changed from reopened to closed
Hi Frank-Oliver,
did the following:
- built new PT-Server from your database (w/o the 25 species)
- reloaded and aligned the 25 sequences vs. next relatives
- still no crash, but memory debugging showed some illegal access
- fixed in with [5904]
Please test again using this revision.
Nachtrag: Bei einer einzelnen Sequenz hat es gerade trotz Ts funktioniert, jedoch wurden nur Teile der Sequenz aligniert (die Enden wurden nicht aligniert). Nach Umwandlung in Us hats geklappt.